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山河大川

木虫 (著名写手)

[求助] 晶体结构中Z值和分子式的确定(期待这次真正弄懂) 已有2人参与

在晶体解析过程中,Z值和分子式的确定,我一直很糊涂。具体应该如何确定呢?
Z值是晶胞中不对称单元的个数。比如在一个P-1空间群里,一个分子本身存在中心对称,中心原子M处于特殊位置,占有率为0.5,在lst文件 Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp下面的列表里,显示中心原子M的个数是1。在mercury里看res文件,分子自动就对称过去,长全了。那么分子式里中心原子M就应该按1个来计算对吧,这样在ins文件里SFAC  UNIT对应的个数应该是1,是吧,这里也是指晶胞里的个数,对吧。  
那这个Z值是多少呢?res文件里是M原子是0.5个,分子里应该是1个,那么这个Z是不是就应该是2个了。
在lst文件 Unit-cell contents from UNIT instruction and atom list resp下面的列表里,指的是一个晶胞中的所有原子个数,对吧。这应该跟化合物的分子式成整数比,是吧。
以前一直模模糊糊的,我自己的都是P-1,每次Z值我都按照checkcif文件来整,但最近师弟师妹问我这个问题,我不知道该如何解释了。希望这次自己能真正弄懂。谢谢!
希望@xi2004老师@ 羊倌老师@ jackdeng老师这些牛人老师帮帮菜鸟。谢谢!
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人生不设限
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匿名

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山河大川: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢! 2014-12-31 15:13:31
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2楼2014-12-30 14:08:44
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匿名

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3楼2014-12-30 14:09:54
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jackdeng

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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山河大川: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢! 2015-01-01 09:37:16
化合物的Z值指的是晶胞中的分子个数,是可以根据不对称单元中某一特定原子或离子的个数以及该原子或离子总的个数(lst文件中提供的数据)推算出来的,比如,某一化合物中的金属离子在不对称单元中的数目为一个(没有任何原子处在特殊位置),而lst中的总数为4,那么该化合物的Z值即为4;如果有某一个或几个原子处于特殊位置(比如反演中心或二重轴),此时的Z即为2,这种情况下,对称性越高,Z值越小。
4楼2014-12-31 08:25:11
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山河大川

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lich666 at 2014-12-30 14:08:44
你自己理解的没错,SFAC UNIT 那里说的晶胞里所有的原子数。
Z值指的是晶胞内所有的分子数,等于不对称单元数乘以每个不对称单元内的分子数。
以P-1为例,一般Z=2。如果是双分子,Z=4;如果是0.5分子,那么Z=1。

这个每个不对称单元内的分子数一般为1,是吧,如果处于特殊位置,有1/2等等是吗?
人生不设限
5楼2014-12-31 15:14:14
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匿名

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6楼2014-12-31 20:12:21
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