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王平阳

金虫 (正式写手)

[求助] 启动子区域相关元件预测及蛋白功能预测 已有2人参与

各位大神,求助求助!!!!
我克隆了一个基因的启动子,启动子的核心元件已经找到,我想在启动子区域找一下还有没有其他元件,比如转录调控因子结合位点,不知道怎么找?另外,我已经克隆了这个基因的全长,怎么来预测这个基因的功能,我将核酸序列、氨基酸序列分别在NCBI上BLAST比对,给出的结果完全不一样,我又在线预测了该基因的三级结构,根据三级结构预测的功能与之前的BLAST的结果又不一样,我该相信哪个?
烦请生物信息学大师及做过相关分析的大神解答,小弟感激不尽!
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没有做不到,只有想不到!
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
网上在线有很多预测软件,你可以在网上百度一下或者在小木虫搜一席都会有很多的信息。
2楼2014-12-24 16:23:42
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cuihao102

木虫 (小有名气)

不同的调控子结合位点是不一样的,好像还没有专门的预测软件,想确定的话就得通过实验  EMSA  DNaseI footprinting

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-12-24 16:52:19
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王平阳

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 红卫大兵 at 2014-12-24 16:23:42
网上在线有很多预测软件,你可以在网上百度一下或者在小木虫搜一席都会有很多的信息。

谢谢你的建议
没有做不到,只有想不到!
4楼2014-12-26 14:33:14
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王平阳

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cuihao102 at 2014-12-24 16:52:19
不同的调控子结合位点是不一样的,好像还没有专门的预测软件,想确定的话就得通过实验  EMSA  DNaseI footprinting

谢谢,通过实验当然有说服力,可是也很盲目,而且费时!
没有做不到,只有想不到!
5楼2014-12-26 14:34:54
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混合配搭

新虫 (小有名气)

你最后怎么预测的啊?刚做,想你请教
6楼2015-04-22 16:01:01
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yzheng29

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

个人感觉DNA序列BLAST的结果最不可靠。三级结构的预测一般随结果会给出结果的可信度,如果结果可信的话,根据蛋白结构预测出来的功能是最可靠的。

我印象中如果要分析一个基因的功能好像要通过GO分析以及基因注释,不过我不是做这个方向的,所以不是很确定,建议还是找相关文献来阅读一下。
7楼2015-04-22 18:15:54
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