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未央于一

金虫 (小有名气)

[求助] Gaussian建模 已有4人参与

我的问题是：在gaussian的Atom List Editor中导出的原子坐标位置信息（txt格式），怎么反过来在gaussian以及MS中建模？有没有简单地方法，不要一个个的输入原子坐标
谢谢
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1楼 2014-12-18 20:46:08
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
按pdb,mol,cif的相应格式存成文件，然后用ms打开，不就行了？反过来，用gv 已能打开并生成gaussian 文件

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2楼2014-12-19 07:04:38
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
只要有坐标了，存为合适的文件类型在gaussian和MS都是可以直接读取的，干嘛要一个一个输啊
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3楼2014-12-19 09:11:38
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sunquan0905

木虫 (著名写手)

冥王

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用Gaussian View或者Chem3D做完图存成gjf格式的可以直接生成坐标，保存成mol或者cif格式的可以直接用MS打开的
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一花一世界，一木一浮生，一草一天堂，一叶一如来；一砂一极乐，一方一净土，一笑一尘缘，一念一清净。
4楼2014-12-19 09:33:50
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未央于一

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sunquan0905 at 2014-12-19 09:33:50
用Gaussian View或者Chem3D做完图存成gjf格式的可以直接生成坐标，保存成mol或者cif格式的可以直接用MS打开的

这个我知道，我想问的是，得到坐标之后，怎么快速的做出结构图
谢谢
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5楼2014-12-19 10:39:52
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
打开不就是图了吗？

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6楼2014-12-19 16:59:27
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sunquan0905

木虫 (著名写手)

冥王

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 未央于一 at 2014-12-19 10:39:52
这个我知道，我想问的是，得到坐标之后，怎么快速的做出结构图
谢谢...

结构图你可以把output文件转化成gjf格式的，然后代入到Chem3D当中去，Chem3D右侧有一个ChemDraw区域直接就显示出伞形结构的，注意的是，你要根据你自己的喜好去调节位置，这样ChemDraw区域中的结构式会出现变动。
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一花一世界，一木一浮生，一草一天堂，一叶一如来；一砂一极乐，一方一净土，一笑一尘缘，一念一清净。
7楼2014-12-20 08:25:07
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nuolan

新虫 (初入文坛)
有一个学计算的呀，唉，当初就是学计算，工作不好找啊！

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8楼2014-12-20 08:34:31
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