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mantou满

铁虫 (初入文坛)

[求助] Fukui函数与Population analysis

本人初次接触Dmol3，在看密立根电荷时应用Fukui function和Population analysis都能得到密立根电荷的数值，但是有差别，请问差别在哪里？请各大虫指点迷津~
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生活不易吖。。。。
1楼 2014-04-23 14:32:28
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卡开发发

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gmy1990: 金币+3 2014-04-23 16:27:34
做个不恰当但是直观的比喻，电荷相当于位移，Fukui function就相当于速度。

假设中性分子的某原子Mulliken电荷为q，Mulliken电荷表示的Fukui函数指的是dq/dN，但是左右导数不是相同的dq/dN(+)和dq/dN(-)有各自的意义，与活性变化相关，来自于电负性均衡原理，徐光宪的中册的密度泛函章节有简单介绍。关于活性位点和电荷分析可参考Sob博士的帖子，有更多的描述，甚至可以直接咨询，他是这方面专家。

一般直接求f(+)、f(-)的导数通常是通过有限差分近似，但是尤其要小心的是Dmol3中的差分电荷是0.01而不是1，在很多低档次的文章我都见过相关错误，详细参见Dmol3的Fukui function的help部分。
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2楼2014-04-23 14:56:49
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mantou满

铁虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-23 14:56:49
做个不恰当但是直观的比喻，电荷相当于位移，Fukui function就相当于速度。

假设中性分子的某原子Mulliken电荷为q，Mulliken电荷表示的Fukui函数指的是dq/dN，但是左右导数不是相同的dq/dN(+)和dq/dN(-)有各自的 ...

那Population analysis得到的Mulliken电荷呢？
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3楼2014-04-23 19:29:09
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卡开发发

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gmy1990: 金币+3 2014-04-24 15:25:59
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3楼: Originally posted by mantou满 at 2014-04-23 19:29:09
那Population analysis得到的Mulliken电荷呢？...

得到原子电荷q有很多种方法，其中一种是Mulliken，是一种分子中将原子间区域的电子对半分的方案（表述的不精确）。因为对于电子尺寸而言，其波动性不可忽略，为了简化描述分子上电荷的分布，就把电荷按照一定方式划分归属到原子，就是原子电荷布居分析。划分电荷的方案很多，fukui又是原子电荷的导数，所以Fukui函数计算时，应该指明采用的布居方法。Dmol3支持的方案有Hirshfeld和Mulliken两种布居分析，对应就有两种Fukui函数。
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4楼2014-04-23 21:54:47
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mantou满

铁虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-23 21:54:47
得到原子电荷q有很多种方法，其中一种是Mulliken，是一种分子中将原子间区域的电子对半分的方案（表述的不精确）。因为对于电子尺寸而言，其波动性不可忽略，为了简化描述分子上电荷的分布，就把电荷按照一定方式划 ...

我好像明白了，可是我怎么给你金币吖。。。。
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生活不易吖。。。。
5楼2014-04-24 17:17:21
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mantou满

铁虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-23 21:54:47
得到原子电荷q有很多种方法，其中一种是Mulliken，是一种分子中将原子间区域的电子对半分的方案（表述的不精确）。因为对于电子尺寸而言，其波动性不可忽略，为了简化描述分子上电荷的分布，就把电荷按照一定方式划 ...

我在用Dmol3时有一步需要将两个分子连接在一起，一个染料和纤维，是直接把结构连在一起就行吗？在复制粘贴结构的时候两个结构的位置能自己设定吗？
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生活不易吖。。。。
6楼2014-04-28 18:29:45
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卡开发发

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6楼: Originally posted by mantou满 at 2014-04-28 18:29:45
我在用Dmol3时有一步需要将两个分子连接在一起，一个染料和纤维，是直接把结构连在一起就行吗？在复制粘贴结构的时候两个结构的位置能自己设定吗？...

这个是个建模的问题，可以，选中一个片段，按住shift进行移动吧。。或者你也可以连接两个片段后clean，在去掉bond，这你就自己摸索吧。
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7楼2014-04-28 18:36:31
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mantou满

铁虫 (初入文坛)
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7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-28 18:36:31
这个是个建模的问题，可以，选中一个片段，按住shift进行移动吧。。或者你也可以连接两个片段后clean，在去掉bond，这你就自己摸索吧。...

那你知道怎么在这个体系中添加离子性溶剂吗？譬如NaCl
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生活不易吖。。。。
8楼2014-04-28 18:38:31
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卡开发发

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8楼: Originally posted by mantou满 at 2014-04-28 18:38:31
那你知道怎么在这个体系中添加离子性溶剂吗？譬如NaCl...

一般提供了溶剂，我不知道你指的NaCl是水溶液还是熔融的NaCl，如果是水溶液建议就用水作溶剂NaCl做显式（直接加）吧，这没有办法，Dmol3的溶剂化参数似乎无法修改。
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9楼2014-04-28 18:46:46
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mantou满

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9楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-04-28 18:46:46
一般提供了溶剂，我不知道你指的NaCl是水溶液还是熔融的NaCl，如果是水溶液建议就用水作溶剂NaCl做显式（直接加）吧，这没有办法，Dmol3的溶剂化参数似乎无法修改。...

我用的是水溶液，那就是直接在建模的时候加NaCl，然后用水做溶剂？
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10楼2014-04-28 18:49:47
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