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zhuhy1116

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于MS DMOL3模块算过渡态的问题，急！！！！

本人最近正在研究金属催化剂对煤焦还原NO的影响，但是采用的是dmol模块，我构建了金属切面，选择了焦炭模型和NO分子同时吸附在切面上，但是算出来的过渡态虚频很多，而且振动强度都为零，我想问一下是我的方法有问题么？用castep来算的话，怎么保证你算得过渡态的正确性，因为不像dmol模块可以通过频率分析来确认过渡态是否准确啊。
Frequency (1/cm)          Intensity (km/mol)
-699.22000000        0.00000000
-497.61000000        0.00000000
-44.83000000        0.00000000
-40.25000000        0.00000000
-38.84000000        0.00000000
-34.48000000        0.00000000
-32.98000000        0.00000000
-27.25000000        0.00000000
-24.72000000        0.00000000
-22.35000000        0.00000000
-21.64000000        0.00000000
-18.19000000        0.00000000
-14.31000000        0.00000000
-7.72000000        0.00000000
-1.51000000        0.00000000
11.69000000        0.00000000
16.69000000        0.00000000
18.17000000        0.00000000
22.62000000        0.00000000
27.23000000        0.00000000
28.68000000        0.00000000
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1楼 2014-12-15 15:35:48
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★
gmy1990: 金币+2, 感谢应助 2014-12-19 18:54:38
DMol3你想看到频率的详细信息必须得进行性质中频率计算，这里给出的频率我估计应该是几何优化过程采用的粗糙的Hessian估计的。MS下CASTEP做反应确实稍弱一些。
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2楼2014-12-17 14:16:13
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zhuhy1116

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-17 14:16:13
DMol3你想看到频率的详细信息必须得进行性质中频率计算，这里给出的频率我估计应该是几何优化过程采用的粗糙的Hessian估计的。MS下CASTEP做反应确实稍弱一些。

我现在是一直卡在这里进行不下去，进行过渡态优化也是收敛不了，怎么办呐···
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3楼2014-12-17 15:01:53
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-12-17 15:01:53
我现在是一直卡在这里进行不下去，进行过渡态优化也是收敛不了，怎么办呐···...

我不知道你指的不收敛是？到底是频率算不出，还是过渡态搜索不出？或是过渡态优化结构的过程不能收敛？
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4楼2014-12-19 09:50:03
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zhuhy1116

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-19 09:50:03
我不知道你指的不收敛是？到底是频率算不出，还是过渡态搜索不出？或是过渡态优化结构的过程不能收敛？...

频率不是算出来了呢，但是振动强度都是零，不收敛是在过渡态优化的过程中，而且这个算出来的虚频也太多了···
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5楼2014-12-22 15:34:56
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
5楼: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-12-22 15:34:56
频率不是算出来了呢，但是振动强度都是零，不收敛是在过渡态优化的过程中，而且这个算出来的虚频也太多了···...

不是算的频率是看不到振动模的（振动强度），而且Hessian矩阵不够精确，没啥参考意义。补充频率计算吧。

如果过渡态不收敛，只能通过修改那些DIIS和charge mix等来增加收敛的可能。金属切面的话要保证k和smearing都非常充分、合适。一些带磁性的金属可能处理起来会比较棘手，如果是这样就没办法了。
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6楼2014-12-22 16:20:00
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zhuhy1116

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-12-22 16:20:00
不是算的频率是看不到振动模的（振动强度），而且Hessian矩阵不够精确，没啥参考意义。补充频率计算吧。

如果过渡态不收敛，只能通过修改那些DIIS和charge mix等来增加收敛的可能。金属切面的话要保证k和smeari ...

确实 做fe切面的话连结构优化都成功不了，更别提过渡态了，我现在用的是CAO切面。您的意思是我这么计算出来的虚频和振动强度没有意义是么？那应该怎么补充频率计算？过渡态搜索的时候outmol里面已经有反应能垒的信息了，根据我这种情况算出来的能量可信么？另外调节参数的时候，一直在用smearing来加速收敛，你说的这两个倒是很少使用，您能详细说说这两个参数一般怎么调才能使过渡态收敛呢？
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7楼2014-12-23 09:46:55
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhuhy1116 at 2014-12-23 09:46:55
确实 做fe切面的话连结构优化都成功不了，更别提过渡态了，我现在用的是CAO切面。您的意思是我这么计算出来的虚频和振动强度没有意义是么？那应该怎么补充频率计算？过渡态搜索的时候outmol里面已经有反应能垒的信 ...

不计算频率根本是得不到振动强度的，补充频率需要在Properties计算Freq。如果能够搜索到过渡态，outmol中的能垒一般稍高估些，可通过频率计算后再进行TS opt。

Smearing很大的结果是不可靠的，至少要保证输出文件中-KTeS项<1meV/atom。

如果很难收敛的情况一般建议先提升精度，如果Fine精度还很困难，减小charge mix和DIIS。
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8楼2014-12-23 15:10:30
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