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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请帮忙分析一下这个树形图!
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well_想太多

新虫 (小有名气)

[求助] 请帮忙分析一下这个树形图! 已有2人参与

请帮忙分析一下这个树形图!0号是我的菌,请问它同源性好的是几号?

请帮忙分析一下这个树形图!
树形图
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1楼 2014-11-26 12:40:32
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
well_想太多: 金币+2, ★有帮助, 非常感谢 2014-11-26 20:34:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by well_想太多 at 2014-11-26 16:40:34
那分支上的74和97代表什么意思呢?...

是对该分支可信度的评估值，建树后软件会对建好的树进行自展法评估，这个值是一个百分比，表示自展检测后有74%的比例0、5聚为一支，然后与4聚为一支的百分比为97%。可以去查我以前回的帖，有详细说明。
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4楼2014-11-26 17:13:22
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-11-26 14:15:21
5号、4号，然后2号
在同一分支上的同源性更高
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2楼2014-11-26 13:26:38
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well_想太多

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-26 13:26:38
5号、4号，然后2号
在同一分支上的同源性更高

那分支上的74和97代表什么意思呢?
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3楼2014-11-26 16:40:34
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
well_想太多: 金币+2, ★有帮助 2014-11-26 20:34:33
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-11-27 20:07:21
引用回帖:
3楼: Originally posted by well_想太多 at 2014-11-26 16:40:34
那分支上的74和97代表什么意思呢?...

是bootstrap value。
计算方法是把序列切成多个片段，每个片段只含有1个碱基，然后随机选取相同数目的片段（同一个片段可以被选取多次）生成一个人造的alignment，建树，看是不是和真实数据生成的树拓扑结构相同，重复100次或者1000次。这个bootstrap value就是多少比例的人工树和真实树结构相同。
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5楼2014-11-26 19:27:55
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