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钢金术师

金虫 (小有名气)

[交流] 关于VASP的并行

最近用vasp的时候发现一个问题,vasp编译正确。进行200对个原子的计算时,采用单个节点(包含12和核),可以很快的开始计算。但是采用2个节点以上的资源时,就会在读取波函数的位置卡很撑时间,
OUTCAR中一直停在:
                                 Maximum index for non-local projection operator         
                                 Maximum index for augmentation-charges          (set IRDMAX)

大家还有遇到过这个问题的吗?对于这个问题我尝试了很多方法,都不能解决啊,有时候,多节点会卡大约24小时!
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200909140505

铜虫 (小有名气)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
ljw4010: 金币+1, 谢谢交流! 2014-11-26 19:30:15
个人觉得vasp并行计算的快慢与原子个数有很大关系。原子数目不大的体系,并得越多反而越慢。比如一个体系只有几个原子。不并行很快就算完了,并行反而变慢。对于几百个原子的大体系,并行应该会快些。还有vasp可以自动识别物理核,即不需要并行直接输入vasp命令,也可以达到并行效果。
2楼2014-11-26 14:54:30
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wmy8802217

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-11-30 17:13:11
这个不是软件的问题,是因为两个节点直接通信速度没法达到那么快,尤其是你体系大的时候,需要通信的信息也许千兆路由器都受不了(有时候千兆网还不是你独享),而单个节点内部通信自然很快,只要内存够大就没问题。
凝聚态理论与计算物理
3楼2014-11-26 15:53:10
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wmy8802217

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
所以建议还是单个节点计算,最好不要跨节点计算。
凝聚态理论与计算物理
4楼2014-11-26 15:56:22
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wmy8802217

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
ljw4010: 金币+1, 谢谢交流! 2014-11-26 19:30:27
钢金术师: 金币+10 2014-11-27 08:54:42
单个节点内部中,内存的读写速度可以达到GB/s量级,而千兆网最大才125MB/S,跨界点计算的话大部分时间都耗在通信上了
凝聚态理论与计算物理
5楼2014-11-26 16:01:09
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dyc_2008

捐助贵宾 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by wmy8802217 at 2014-11-26 16:01:09
单个节点内部中,内存的读写速度可以达到GB/s量级,而千兆网最大才125MB/S,跨界点计算的话大部分时间都耗在通信上了

学习了 感谢wmy8802217
一布福田,二修菩提
6楼2014-11-28 09:26:35
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by 200909140505 at 2014-11-26 14:54:30
个人觉得vasp并行计算的快慢与原子个数有很大关系。原子数目不大的体系,并得越多反而越慢。比如一个体系只有几个原子。不并行很快就算完了,并行反而变慢。对于几百个原子的大体系,并行应该会快些。还有vasp可以自 ...

vasp还能这样?既是编译的串行也会自动识别,我没感觉到啊

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2014-11-29 16:02:20
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vasp_wien2k

新虫 (初入文坛)

单节点有几个cpu啊?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2014-11-29 16:04:01
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钢金术师

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by vasp_wien2k at 2014-11-29 16:04:01
单节点有几个cpu啊?

12个
9楼2014-11-30 08:32:29
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
帮顶一下,不懂~~~~~~~~~~~~~
自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
10楼2014-11-30 09:41:44
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