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michal_li

新虫 (小有名气)

[求助] MD分子动力学NVT系综模拟时间选择 已有4人参与

请教大家,NVT模拟时候,模拟时间及步长怎么选择的,依据是什么?
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
推荐一本书看看吧,陈正隆:分子的模拟理论与实践
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
2楼2014-11-06 10:22:02
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
模拟时间要以最终系统稳定为准,比如温度、能量的波动值趋于平稳。
时间步长的选择默认是1fs,可以根据自己需要选择,但最好不要超过5fs,这样会影响计算精度,导致能量与温度波动较大。
理论上说可以小点,但会极大增加计算工作量。
3楼2014-11-06 14:39:25
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼上说得是预平衡的时间。平衡之后要采样。那么问题来了,采样要跑多久?
请看:分子模拟时间越长越好吗?http://muchong.com/html/201106/3352981.html
4楼2014-11-07 10:59:09
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
多看看基础的书籍或者软件操作之类的,相信这个问题你很快会解决的。
逆风奔跑。
5楼2014-11-07 15:49:05
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