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xiaobao0809

新虫 (小有名气)

[求助] 寻找正确的BSA结构的PDB文件(心形) 已有4人参与

BSA的结构据说是心形的,可是我在PDB数据库中找到的 都不是心形的,而且类似于椭圆,谁有心形的BSA结构啊?或者是提供PDB ID也可以,还是说需要进行什么转换才能变成心形呢?
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
pdb数据库中BSA的结构很多呀,下载一个从pymol中观察
7楼2014-11-05 21:44:58
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
xiaobao0809: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-11-08 09:51:55
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaobao0809 at 2014-11-05 19:34:38
可是这样做了之后还是不对,白开心了
...

同意autodockytu的说法,你可以看下附件里的,看是否是你要的结构

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  • 附件 1 : 4F5S_M.pse
  • 2014-11-06 09:10:57, 7.07 M
8楼2014-11-06 09:12:05
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普通回帖

李飞明

银虫 (著名写手)

先为人,后为学
2楼2014-11-05 11:52:42
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你下载的PDB数据库中的BSA结构中含有两个BSA分子,每个单独的分子就是心形的
3楼2014-11-05 13:03:48
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xiaobao0809

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by a86052 at 2014-11-05 13:03:48
你下载的PDB数据库中的BSA结构中含有两个BSA分子,每个单独的分子就是心形的

啊、这是真的么?如果是真的那我开心死了,可是我该怎么把他变成一个呢?
4楼2014-11-05 13:17:04
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a86052

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xiaobao0809 at 2014-11-05 13:17:04
啊、这是真的么?如果是真的那我开心死了,可是我该怎么把他变成一个呢?...

用写字板打开PDB文件,删除一个分子,或者在显示的时候隐藏一个分子也可以~
5楼2014-11-05 13:51:13
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xiaobao0809

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by a86052 at 2014-11-05 13:51:13
用写字板打开PDB文件,删除一个分子,或者在显示的时候隐藏一个分子也可以~...

可是这样做了之后还是不对,白开心了

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-11-05 19:34:38
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xiaobao0809

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by a86052 at 2014-11-06 09:12:05
同意autodockytu的说法,你可以看下附件里的,看是否是你要的结构...

谢谢你,附件里的打开确实是心形的,可是这个是怎么做的啊?我是想要一个PDB的文件,因为我接下来要做对接啊?我是一名初学者,所以很多东西并不理解,但是我只知道我需要一个PDB格式的心形BSA。
9楼2014-11-08 09:58:10
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a86052

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


xiaobao0809(abinitio代发): 金币+1, 感谢应助 2014-11-13 10:33:22
引用回帖:
9楼: Originally posted by xiaobao0809 at 2014-11-08 09:58:10
谢谢你,附件里的打开确实是心形的,可是这个是怎么做的啊?我是想要一个PDB的文件,因为我接下来要做对接啊?我是一名初学者,所以很多东西并不理解,但是我只知道我需要一个PDB格式的心形BSA。...

额,你如果用sybyl对接,可以在软件里将多余的一条链删掉就行了,或者手动删掉都可以的。。。

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  • 2014-11-10 08:20:29, 850.08 K

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10楼2014-11-10 08:19:55
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