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glide分子对接配体准备问题
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我想用glide做分子对接，蛋白已经知道怎么准备，但在用ligpre模块准备配体时，生成三个文件ligprep_15.inp；ligprep_15.log；ligprep_15-out.maegz。有人说对接时用的是第三个文件，但ligprep_15-out.maegz什么也没有，查看ligprep_15.log时，发现有一处错误： ligprep running: premin OK structures in: ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz problematic structures in: ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz premin -lic ligprep -m filter -f 14 -s ligprep_15-out_subjob_1_prout.maegz -u ligprep_15-out_subjob_1_prout_bad.maegz ligprep_15-out_subjob_1_rcout.maegz > ligprep_15-out_subjob_1_pr.log 2>&1 **** ERROR : premin produced no output structures **** Last 30 lines of ligprep_15-out_subjob_1_pr.log: Premin Premin. Copyright Schrodinger, LLC. All rights reserved. 不知道这种错误是什么样的错误，问题出在哪，请大侠帮下忙，非常感谢。。。。 |
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