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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 审稿意见 关于高通量测序
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yzywlyy

新虫 (小有名气)

[求助] 审稿意见 关于高通量测序 已有1人参与

审稿意见其中一条：
Since the sequencing depth is different across 4 samples, has the dataset been resampling before OTUs assessment? There is no relevant statement about this.

我做实验的四个样本， 其测序深度不同，序列数量不同，测序深度Coverage 也不同（77%，83%，93%，81%).

审稿人的问题是  测序深度不同 是否重新采样来进行OTU 分析。可是我的确没有重新采样。请问各位高手，这个问题如何回答？测序深度77-93%是否达到了分析OTU的要求。是否对后续OTU分析有影响呢

多谢各位
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1楼 2014-09-04 11:48:03
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litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-04 18:58:32
yzywlyy: 金币+1, ★★★很有帮助, 多谢 2014-09-07 17:58:17
要把每个样品的序列数都subsample到一样的大小！你去mothur这个wiki百科里看看，讲的很详细！
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2楼2014-09-04 16:25:46
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litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-04 18:58:40
Coverage不是测序深度，别弄混了
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3楼2014-09-04 16:26:57
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yzywlyy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by litongtongti at 2014-09-04 16:25:46
要把每个样品的序列数都subsample到一样的大小！你去mothur这个wiki百科里看看，讲的很详细！

非常感谢您的回复。我大概了解测序深度和文本覆盖率的区别了

由于测序是交给生物公司做的 ，具体程序我也不是很清楚，那审稿人的这个问题如何回答呢？直接回答说the dataset had been resampling before OTUs assessment.可以吗
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4楼2014-09-07 18:00:47
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litongtongti

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yzywlyy at 2014-09-07 18:00:47
非常感谢您的回复。我大概了解测序深度和文本覆盖率的区别了

由于测序是交给生物公司做的 ，具体程序我也不是很清楚，那审稿人的这个问题如何回答呢？直接回答说the dataset had been resampling b ...

你的数据肯定没有subsample到一样的大小，你叫公司重新分析一遍！
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5楼2014-09-08 11:44:19
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litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
yzywlyy: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-09-09 08:23:28
引用回帖:
5楼: Originally posted by litongtongti at 2014-09-08 11:44:19
你的数据肯定没有subsample到一样的大小，你叫公司重新分析一遍！...

建议你去了解一下分析的流程，不然后面也很麻烦！
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6楼2014-09-08 11:45:22
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yzywlyy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by litongtongti at 2014-09-08 11:45:22
建议你去了解一下分析的流程，不然后面也很麻烦！...

谢谢您的指点，现在重新分析估计时间来不及了，就快要到期刊给的修改期限。
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7楼2014-09-09 08:23:17
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yzywlyy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by litongtongti at 2014-09-08 11:45:22
建议你去了解一下分析的流程，不然后面也很麻烦！...

Sub.sample

这个命令用来作为一个使你的数据标准化的路径，或者从你的原始set创建一个小的set。它把以下这些文件类型作为输入：fasta, list, shared, rabund和sabund，并产生一个包含你原始文件样本的新文件。

目前我只了解到这个信息。请问您，是不是样本的序列数不同，所以得出subsample 没有标准化到一样的大小。如果subsample到一样大小，如何体现的呢？是不是不同样本的序列数要一致
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8楼2014-09-09 09:00:05
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litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by yzywlyy at 2014-09-09 09:00:05
Sub.sample

这个命令用来作为一个使你的数据标准化的路径，或者从你的原始set创建一个小的set。它把以下这些文件类型作为输入：fasta, list, shared, rabund和sabund，并产生一个包含你原始文件样本的新文件。
...

“不同样本的序列数要一致”正解，有关高通量的文章现在都这么做了！因为测序的深度不同，会严重影响a多样性！所以要subsample到一样大小。
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9楼2014-09-09 09:52:54
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litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by yzywlyy at 2014-09-09 08:23:17
谢谢您的指点，现在重新分析估计时间来不及了，就快要到期刊给的修改期限。...

这个过程很快的！一天完全能搞定！当然你要有个强大的电脑！或者叫公司做，加急！
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10楼2014-09-09 09:53:59
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