应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 审稿意见 关于高通量测序
51/1返回列表
查看: 1720  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yzywlyy

新虫 (小有名气)

[求助] 审稿意见 关于高通量测序 已有1人参与

审稿意见其中一条：
Since the sequencing depth is different across 4 samples, has the dataset been resampling before OTUs assessment? There is no relevant statement about this.

我做实验的四个样本， 其测序深度不同，序列数量不同，测序深度Coverage 也不同（77%，83%，93%，81%).

审稿人的问题是  测序深度不同 是否重新采样来进行OTU 分析。可是我的确没有重新采样。请问各位高手，这个问题如何回答？测序深度77-93%是否达到了分析OTU的要求。是否对后续OTU分析有影响呢

多谢各位
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生物学

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-09-04 11:48:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by yzywlyy at 2014-09-09 09:00:05
Sub.sample

这个命令用来作为一个使你的数据标准化的路径，或者从你的原始set创建一个小的set。它把以下这些文件类型作为输入：fasta, list, shared, rabund和sabund，并产生一个包含你原始文件样本的新文件。
...

“不同样本的序列数要一致”正解，有关高通量的文章现在都这么做了！因为测序的深度不同，会严重影响a多样性！所以要subsample到一样大小。
赞一下 回复此楼
9楼2014-09-09 09:52:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-04 18:58:32
yzywlyy: 金币+1, ★★★很有帮助, 多谢 2014-09-07 17:58:17
要把每个样品的序列数都subsample到一样的大小！你去mothur这个wiki百科里看看，讲的很详细！
赞一下 回复此楼
2楼2014-09-04 16:25:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

litongtongti

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-09-04 18:58:40
Coverage不是测序深度，别弄混了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-09-04 16:26:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yzywlyy

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by litongtongti at 2014-09-04 16:25:46
要把每个样品的序列数都subsample到一样的大小！你去mothur这个wiki百科里看看，讲的很详细！

非常感谢您的回复。我大概了解测序深度和文本覆盖率的区别了

由于测序是交给生物公司做的 ，具体程序我也不是很清楚，那审稿人的这个问题如何回答呢？直接回答说the dataset had been resampling before OTUs assessment.可以吗
赞一下 回复此楼
4楼2014-09-07 18:00:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-16 21:14 by MHf40yA0Uhyb
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:03 by i3KBRD19ERkG
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 15:51 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 5/250 2026-09-16 15:48 by i3KBRD19ERkG
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-16 06:51 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-16 06:36 by LH5NkK5Ud4bh
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-16 05:03 by LH5NkK5Ud4bh
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 4/200 2026-09-16 04:27 by DgNGHc3h5tPl
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-16 03:35 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 3/150 2026-09-16 02:38 by DgNGHc3h5tPl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-16 02:23 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 申博发邮件 +4 Lmengk 2026-09-15 4/200 2026-09-16 00:05 by 木心想继续深造
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:59 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:35 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:22 by VMDqgnlKimtZ
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-15 09:38 by VMDqgnlKimtZ
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 07:50 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:46 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭