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yzywlyy

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[求助] 审稿意见关于高通量测序已有1人参与

审稿意见其中一条：
Since the sequencing depth is different across 4 samples, has the dataset been resampling before OTUs assessment? There is no relevant statement about this.

我做实验的四个样本，其测序深度不同，序列数量不同，测序深度Coverage 也不同（77%，83%，93%，81%).

审稿人的问题是测序深度不同是否重新采样来进行OTU 分析。可是我的确没有重新采样。请问各位高手，这个问题如何回答？测序深度77-93%是否达到了分析OTU的要求。是否对后续OTU分析有影响呢

多谢各位

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1楼 2014-09-04 11:48:03

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yzywlyy

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引用回帖:

6楼: Originally posted by litongtongti at 2014-09-08 11:45:22
建议你去了解一下分析的流程，不然后面也很麻烦！...

Sub.sample

这个命令用来作为一个使你的数据标准化的路径，或者从你的原始set创建一个小的set。它把以下这些文件类型作为输入：fasta, list, shared, rabund和sabund，并产生一个包含你原始文件样本的新文件。

目前我只了解到这个信息。请问您，是不是样本的序列数不同，所以得出subsample 没有标准化到一样的大小。如果subsample到一样大小，如何体现的呢？是不是不同样本的序列数要一致