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xujc1983木虫 (著名写手)
苦逼青椒一枚
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[交流]
提取能带数据脚本 已有6人参与
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小木虫中很多处理VASP结果的脚本，但一直没有找到一个自己习惯的处理能带数据的脚本，so，干脆自己写一个吧 此python脚本需要读取KPOINTS、OUTPUT和EIGENVEL文件，其中KPOINT文件中要求是能带计算的line-mode，并且每个特殊k点的符号也要写上 最后输出band.txt结果，包括k点的序号、符号、累加的距离、k点坐标、及对应各条能带的能量值。 重复的k点已经去掉了，也可以自己修改显示出来。用origin导入就可以直接画图了。 希望大家喜欢，多提意见，多多交流 忘记说了，脚本是基于python的，复制到结果所在文件夹，直接执行./transband.py即可得到band.txt结果文件。 |
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2014-08-26 16:27:05, 3.43 K
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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xml处理不麻烦，而且比直接读文本更容易点。 比如读能带的： xml = etree.ElementTree(file = ‘vasprun.xml’） def get_spin_polarized(xml): ispin = xml.xpath(r'//separator[@name="electronic spin"]/i[@name="ISPIN"]') ispin = int(ispin[0].text) return ispin == 2 def get_bands(xml, is_spin_polarized): band_path = r'//calculation/eigenvalues/array/set/set[@comment="spin {}"]/set[{}]/r' high_kpts = xml.xpath(r'//kpoints/generation[@param="listgenerated"]/v') kpts = xml.xpath(r'/modeling/kpoints/varray[@name="kpointlist"]/v') eigs = [] for i in xrange(len(kpts)): eigs.append(xml.xpath(band_path.format(1, i + 1))) if is_spin_polarized: for i in xrange(len(kpts)): eigs.append(xml.xpath(band_path.format(2, i + 1))) bands = [] dk = 0.0 def kpdist(i, j): ki = [float(i) for i in kpts.text.split()] kj = [float(i) for i in kpts[j].text.split()] return ((kj[0] - ki[0])**2 + (kj[1] - ki[1])**2 + (kj[2] - ki[2])**2)**0.5 for i in xrange(len(kpts)): if i > 0: dk += kpdist(i, i - 1) cb = [dk] for j in xrange(len(eigs[0])): cb.append(float(eigs[j].text.split()[0])) if is_spin_polarized: for j in xrange(len(eigs[0])): cb.append(float(eigs[i + len(kpts)][j].text.split()[0])) bands.append(cb) lines = [] if high_kpts: ck = high_kpts[0] dk = 0.0 for ik in high_kpts: ki = [float(i) for i in ck.text.split()] kj = [float(i) for i in ik.text.split()] dk += ((kj[0] - ki[0])**2 + (kj[1] - ki[1])**2 + (kj[2] - ki[2])**2)**0.5 ck = ik lines.append(dk) return bands, line 这样不论是否用line都不会有问题，而且只要很少修改就能处理fatband的计算。 |
8楼2014-08-27 13:28:16
huterx
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lfhuang
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