| 查看: 3414 | 回复: 11 | |||||
xujc1983木虫 (著名写手)
苦逼青椒一枚
|
[交流]
提取能带数据脚本 已有6人参与
|
||||
小木虫中很多处理VASP结果的脚本，但一直没有找到一个自己习惯的处理能带数据的脚本，so，干脆自己写一个吧 此python脚本需要读取KPOINTS、OUTPUT和EIGENVEL文件，其中KPOINT文件中要求是能带计算的line-mode，并且每个特殊k点的符号也要写上 最后输出band.txt结果，包括k点的序号、符号、累加的距离、k点坐标、及对应各条能带的能量值。 重复的k点已经去掉了，也可以自己修改显示出来。用origin导入就可以直接画图了。 希望大家喜欢，多提意见，多多交流 忘记说了，脚本是基于python的，复制到结果所在文件夹，直接执行./transband.py即可得到band.txt结果文件。 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : transband.py
2014-08-26 16:27:05, 3.43 K
» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理计算 | ML相关 |
» 猜你喜欢
307求调剂
已经有20人回复
-
285求调剂
已经有8人回复
-
材料与化工（0856）304求B区调剂
已经有8人回复
-
370求调剂
已经有3人回复
-
070300化学279求调剂
已经有5人回复
-
福建理工大学材料学院先进合金团队招收考研调剂学生
已经有4人回复
-
英一数一408，总分284，二战真诚求调剂
已经有5人回复
-
083000环境科学与工程调剂，总分281
已经有4人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- GW计算完毕，如何提取带隙值？
已经有9人回复
- 在VASP中的脚本
已经有4人回复
- Wien2k运算过程lapw1总是出现错误
已经有7人回复
- 如何用Tcpdump+awk脚本语言来提取网络流量特征？
已经有3人回复
- 新手做原核表达 求帮忙
已经有22人回复
- 相同原子的坐标顺序对结果有影响吗
已经有3人回复
- 在集群上如何算CASTEP 能带、态密度
已经有9人回复
- Problem - nscf - c_bands: eigenvalues not converged
已经有20人回复
- 如何用vasp的计算结果画出 fat band
已经有4人回复
- 分析价带顶导带底的能带
已经有9人回复
- （文献学习）一篇计算HfO2表面 结构与原子性质的文章
已经有26人回复
- WIEN2k的能带数据文件case.spaghetti_ene。你们都是怎么分析提取数据？和我的看法。
已经有8人回复
- 并行WIEN2K安装失败，如何解决，谢谢！
已经有9人回复
- 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法
已经有20人回复
- 【原创】DL_POLY STATIS 数据提取的shell脚本实现
已经有3人回复
- 【求助】Vasp计算能带结构，高对称点如何在origin中表示
已经有17人回复
- 【求助】procar文件如何提取dxy,dz2,dy等的LDOS
已经有6人回复
- 【其他】第一性计算数据处理经验有奖征集
已经有34人回复
- 【原创】vaspkit正在更新中
已经有88人回复
lfhuang
木虫 (著名写手)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3583.6
- 散金: 2141
- 红花: 37
- 帖子: 1432
- 在线: 681.4小时
- 虫号: 505824
- 注册: 2008-02-17
- 性别: GG
- 专业: 金属材料表面科学与工程
4楼2014-08-26 22:31:05
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
xml处理不麻烦，而且比直接读文本更容易点。 比如读能带的： xml = etree.ElementTree(file = ‘vasprun.xml’） def get_spin_polarized(xml): ispin = xml.xpath(r'//separator[@name="electronic spin"]/i[@name="ISPIN"]') ispin = int(ispin[0].text) return ispin == 2 def get_bands(xml, is_spin_polarized): band_path = r'//calculation/eigenvalues/array/set/set[@comment="spin {}"]/set[{}]/r' high_kpts = xml.xpath(r'//kpoints/generation[@param="listgenerated"]/v') kpts = xml.xpath(r'/modeling/kpoints/varray[@name="kpointlist"]/v') eigs = [] for i in xrange(len(kpts)): eigs.append(xml.xpath(band_path.format(1, i + 1))) if is_spin_polarized: for i in xrange(len(kpts)): eigs.append(xml.xpath(band_path.format(2, i + 1))) bands = [] dk = 0.0 def kpdist(i, j): ki = [float(i) for i in kpts.text.split()] kj = [float(i) for i in kpts[j].text.split()] return ((kj[0] - ki[0])**2 + (kj[1] - ki[1])**2 + (kj[2] - ki[2])**2)**0.5 for i in xrange(len(kpts)): if i > 0: dk += kpdist(i, i - 1) cb = [dk] for j in xrange(len(eigs[0])): cb.append(float(eigs[j].text.split()[0])) if is_spin_polarized: for j in xrange(len(eigs[0])): cb.append(float(eigs[i + len(kpts)][j].text.split()[0])) bands.append(cb) lines = [] if high_kpts: ck = high_kpts[0] dk = 0.0 for ik in high_kpts: ki = [float(i) for i in ck.text.split()] kj = [float(i) for i in ik.text.split()] dk += ((kj[0] - ki[0])**2 + (kj[1] - ki[1])**2 + (kj[2] - ki[2])**2)**0.5 ck = ik lines.append(dk) return bands, line 这样不论是否用line都不会有问题，而且只要很少修改就能处理fatband的计算。 |
8楼2014-08-27 13:28:16
huterx
金虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1485.5
- 散金: 300
- 红花: 2
- 帖子: 193
- 在线: 432.8小时
- 虫号: 1380155
- 注册: 2011-08-26
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2014-08-26 16:46:06
3楼2014-08-26 19:38:02
5楼2014-08-27 08:20:56
xujc1983
木虫 (著名写手)
苦逼青椒一枚
- 1ST强帖: 1
- 应助: 71 (初中生)
- 金币: 2065.3
- 散金: 2373
- 红花: 18
- 帖子: 1096
- 在线: 575小时
- 虫号: 285496
- 注册: 2006-10-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
6楼2014-08-27 09:02:04
xujc1983
木虫 (著名写手)
苦逼青椒一枚
- 1ST强帖: 1
- 应助: 71 (初中生)
- 金币: 2065.3
- 散金: 2373
- 红花: 18
- 帖子: 1096
- 在线: 575小时
- 虫号: 285496
- 注册: 2006-10-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
7楼2014-08-27 09:02:49
xujc1983
木虫 (著名写手)
苦逼青椒一枚
- 1ST强帖: 1
- 应助: 71 (初中生)
- 金币: 2065.3
- 散金: 2373
- 红花: 18
- 帖子: 1096
- 在线: 575小时
- 虫号: 285496
- 注册: 2006-10-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
9楼2014-08-27 13:55:23
Oristle
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 42.8
- 帖子: 18
- 在线: 233.2小时
- 虫号: 2777653
- 注册: 2013-11-04
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
10楼2015-08-28 17:17:02
