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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【原创】vaspkit正在更新中
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)

[资源] 【原创】vaspkit正在更新中

相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛，网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本，不过要么只针对于某一个问题，要么使用不太友好。为此，我弄了一个软件包 (vaspkit)，把结构可视化，提取态密度，能带，电荷，自旋密度等数据等功能整合到一个软件包里，方便大家的使用。由于时间有限，我只花了两天时间做得，所以vaspkit工具包比较粗糙，而且有很多bug, 目前只实现最基本的功能。由于vaspkit 目前处于测试阶段，要不断的更新，所以不上传到论坛了。感兴趣的朋友可以到http://abinitio.workstag.com/topics/185下载。希望大家能提出宝贵的意见以及需要增加的功能。同时，我们希望对vaspkit感兴趣的朋友一起加入并不断地增加功能，让vaspkit能成为一个很强大的数据处理工具。在此，特别感谢论坛版主csfn, foxhunter, 语过添情以及蓝等朋友的支持。

当前版本：0.14 (2009-12-3).
1,修正若干bug;
2,增加输出xsf格式结构文件;
3,增加输出DOS积分;
4,增加提取指定原子指定轨道(s,p,d)的能带数据.


主要功能有：
1，把POSCAR 或者CONTCAR转化为cif或xsf格式。
2，提取电荷，自旋密度，使用vesta软件可视化。
3，提取总，投影态密度数据；
4，提取总，投影能带数据。


期待增加功能：
1，增加计算差分电荷数据；
2，xsf格式电荷密度。

文件输出格式：
1，结构可视化文件输出文件为poscar.cif 或contcar.cif, 用MS, VESTA或其它可视化软件软件打开；
2，总态密度输出文件为tdos.dat, 偏态密度文件为pdos.dat, 使用origin或gnuplot绘制。
3，能带数据输出文件名为band-x.dat (x=up, dn). 同样使用origin或gnuplot绘制。
4,  电荷和自旋密度输出文件名分别为chgden.dat 和spnden.dat, 用VESTA打开。注意同时把OUTCAR放进本地文件夹。


注意：最好在完整的vasp计算作业目录下运行，因为要用到OUTCAR读取元素符号，CHG读电荷密度，DOSCAR读取态密度，PROCAR读取能带数据，还有CONTCAR和POSCAR文件。请确保以上文件完整。

vasptip软件运行主页面为：
Choose the problem to solve:                        
=============== Structure options ===================
1: POSCAR                                            
2: CONTCAR                                          
                                                      
=============== DOS options ======================
11: Total DOS                                       
12: Projected DOS                                      
13: T2g-Eg DOS                           

=============== Energy Band options =================
21: Band                                             
22: Projected Band                     
                                                      
=============== Density options ====================
31: Charge Density                                   
32: Spin Density                                    
                                                      
=============== MISC options ======================
                                                      
0: Quit                                             
------------>>

[ Last edited by 灯塔守望者 on 2009-12-4 at 18:02 ]

记得09年我花了一周时间写了vaspkit, 那时候还对fortran不熟悉，之后由于忙碌的缘故，vaspkit再没有更新。一些同仁曾写email问我vaspkit是否有新版本，鉴于一些朋友的鼓励和我的需要，我打算近两个月更新一下vaspkit, 增加一些新的功能。借此抛砖引玉，希望更多对此有兴趣的同仁能够参与其中，vaspkit主页为http://vaspkit.sourceforge.net。

vaspkit-0.20 预览版功能如下：
+---------------------------------------------------+
|>>>   Postprocesing tool for VASP                  |
|      Current version: 0.20 (18.Nov.2013)          |
|...................................................|
|>>>   Written by: Vei WANG (wangvei@live.com)      |
|>>>   Code URL: http://vaspkit.sourceforge.net     |
+---------------------------------------------------+

Choose the problem to solve:
=============== Structural options ==================
1: pos2cif or pos2xsf (unfinished)
2: Building supercell (unfinished)
3: EOS fitting

=============== Electronic options ==================
11: Total DOS
12: Projected DOS
21: Band Structure
22: Projected Band Structure
31: Charge Density
32: Charge Density Difference (unfinished)
33: Spin density
34: Spin Up/Down Density (unfinished)
41: Work Function

=============== Optical options =====================
51: Linear Optics

=============== MISC options ========================

0: Quit
------------>>

[ Last edited by 灯塔守望者 on 2013-11-18 at 21:39 ]
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1楼 2009-11-25 13:32:29
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study163

木虫 (正式写手)
大力支持
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2楼2009-11-25 14:26:11
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wuli8

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★ ★ ★
yjmaxpayne(金币+5,VIP+0):谢谢 11-25 21:22


[ Last edited by wuli8 on 2009-11-25 at 14:43 ]
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3楼2009-11-25 14:41:22
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freer007

木虫 (正式写手)
强！ 支持楼主。
回复此楼
4楼2009-11-25 14:59:35
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
At line 86 of file structinfo.f90
Fortran runtime error: Bad real number in item 4 of list input
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5楼2009-11-25 15:36:24
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjmaxpayne(金币+1,VIP+0):谢谢 11-25 21:23
为什么不用脚本写呢？我觉得vts的那些脚本其实挺好的，修改野比较方便，而且不用编译。

其实我觉得自己写脚本比较可靠，fortran的文本处理能力有限，不如perl来得方便。等我脚本写的比较稳定了，再放上来

我现在在看楼主的代码
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6楼2009-11-25 15:41:12
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benhuzhou

铁杆木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjmaxpayne(金币+1,VIP+0):谢谢 11-25 21:23
非常感谢！大力支持！
我用的是vasp5.2，我分析态密度的时候出现这样的错误，同样分析能带等其它的性质时，好像读的时候老是出错，可能是格式的问题。想问楼主写的程序主要是针对vasp哪个版本的。
At line 32 of file writetdos.f90
Fortran runtime error: Bad integer for item 5 in list input
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7楼2009-11-25 16:00:33
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
支持，如果能做出Medea 的功能和效果就更好了
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2009-11-25 16:30:58
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

good
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9楼2009-11-25 16:34:08
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
★
yjmaxpayne(金币+1,VIP+0): 11-25 21:23
我使用的是vasp 4.6，为什么没有出现大家遇到的问题啊？你们再核查一下，谢谢。还有，如果你想以后使用fortran编计算程序的话，不推荐使用脚本。我最主要的目的是如何用fortran开发一个完整的计算软件包。支持各位热心的朋友，把你们的好东西也拿出来分享。

[ Last edited by 灯塔守望者 on 2009-11-25 at 20:21 ]
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10楼2009-11-25 18:16:58
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hookah

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

鼓励楼主，并高度统一5楼的说法！
我也建议大家使用shell script 和awk进行数据处理！
大家可以一起开发！
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11楼2009-11-25 18:43:32
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zhangdelin0000

木虫 (著名写手)
强烈支持师兄，
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12楼2009-11-25 19:41:07
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csfn

荣誉版主 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

恭喜 兄弟 终于小试牛刀啦 希望能继续奉献大作
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13楼2009-11-25 22:58:16
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y1ding

铁杆木虫 (著名写手)
我用ASE处理VASP,比较方便,而且ASE处理SIESTA,ABINIT就和VASP是一样的.
不过需要python语言基础
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14楼2009-11-25 23:59:06
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wangle_xq

银虫 (小有名气)
支持，回头发送测试结果。
不知道有没有考虑组织一个开发团队。我有兴趣参与。打造中国人自己的VASP处理软件。
引用回帖:
Originally posted by 灯塔守望者 at 2009-11-25 18:16:
我使用的是vasp 4.6，为什么没有出现大家遇到的问题啊？你们再核查一下，谢谢。还有，如果你想以后使用fortran编计算程序的话，不推荐使用脚本。我最主要的目的是如何用fortran开发一个完整的计算软件包。支持各 ...

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15楼2009-11-26 00:43:20
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spur

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这挺好，感谢灯塔兄辛苦工作并与大家分享成果！！也期望更多的朋友贡献更多精华资源！
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16楼2009-11-26 01:04:47
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢楼主。非常好！！
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17楼2009-11-26 02:19:46
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calos818

木虫 (著名写手)
楼主辛苦了，感谢
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18楼2009-11-26 12:19:29
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benhuzhou

铁杆木虫 (小有名气)
我又试了很久，没有成功。和4楼出现的错误时类似的，不知道什么原因。
用的是vasp5.2，我分析态密度的时候出现这样的错误，同样分析能带等其它的性质时，好像读的时候老是出错，可能是格式的问题。想问楼主写的程序主要是针对vasp哪个版本的。
At line 32 of file writetdos.f90
Fortran runtime error: Bad integer for item 5 in list input，麻烦大家多多帮助，不知道是哪里格式有问题。
下面是DOSCAR这个文件的具体内容：

    1   1   1   0
  0.1697933E+02  0.2884996E-09  0.2884996E-09  0.2884996E-09  0.5000000E-15
  1.000000000000000E-004
  CAR
fcc Au                                 
     27.81778758     -6.32977860  301      6.82147560      1.00000000
     -6.330  0.0000E+00  0.0000E+00
     -6.216  0.0000E+00  0.0000E+00
     -6.102  0.0000E+00  0.0000E+00
     -5.988  0.0000E+00  0.0000E+00
     -5.874  0.0000E+00  0.0000E+00
     -5.761  0.0000E+00  0.0000E+00
     -5.647  0.0000E+00  0.0000E+00
     -5.533  0.0000E+00  0.0000E+00
     -5.419  0.2819E-14  0.3209E-15
     -5.305  0.1149E-11  0.1311E-12
     -5.192  0.2492E-09  0.2849E-10
     -5.078  0.2881E-07  0.3307E-08
     -4.964  0.1782E-05  0.2062E-06
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     -3.712  0.1724E+00  0.2097E+00
     -3.598  0.1581E+00  0.2277E+00
     -3.484  0.1500E+00  0.2448E+00
     -3.370  0.1382E+00  0.2605E+00
     -3.256  0.1357E+00  0.2760E+00
     -3.143  0.1352E+00  0.2914E+00
     -3.029  0.1249E+00  0.3056E+00
     -2.915  0.1272E+00  0.3201E+00
     -2.801  0.1337E+00  0.3353E+00
     -2.687  0.1289E+00  0.3500E+00
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     -0.866  0.1391E+01  0.2013E+01
     -0.752  0.1619E+01  0.2197E+01
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      3.801  0.3414E+00  0.1064E+02
      3.914  0.1083E+00  0.1065E+02
      4.028  0.9483E-01  0.1066E+02
      4.142  0.9400E-01  0.1067E+02
      4.256  0.7483E-01  0.1068E+02
      4.370  0.7383E-01  0.1069E+02
      4.484  0.1096E+00  0.1070E+02
      4.597  0.1611E+00  0.1072E+02
      4.711  0.1883E+00  0.1074E+02
      4.825  0.1758E+00  0.1076E+02
      4.939  0.1529E+00  0.1078E+02
      5.053  0.1224E+00  0.1079E+02
      5.167  0.8375E-01  0.1080E+02
      5.280  0.6655E-01  0.1081E+02
      5.394  0.6229E-01  0.1082E+02
      5.508  0.6033E-01  0.1082E+02
      5.622  0.8435E-01  0.1083E+02
      5.736  0.1117E+00  0.1084E+02
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     -2.801  0.7655E-01  0.8906E-02  0.8291E-02
     -2.687  0.7172E-01  0.8752E-02  0.1065E-01
     -2.574  0.6988E-01  0.9117E-02  0.1448E-01
     -2.460  0.7611E-01  0.1047E-01  0.2125E-01
     -2.346  0.8055E-01  0.1090E-01  0.3642E-01
     -2.232  0.9310E-01  0.1115E-01  0.8714E-01
     -2.118  0.1342E+00  0.1268E-01  0.2184E+00
     -2.004  0.1790E+00  0.1311E-01  0.4118E+00
     -1.891  0.1829E+00  0.1202E-01  0.5792E+00
     -1.777  0.1555E+00  0.1265E-01  0.7192E+00
     -1.663  0.1319E+00  0.1579E-01  0.8826E+00
     -1.549  0.1141E+00  0.1904E-01  0.1055E+01
     -1.435  0.8905E-01  0.1899E-01  0.1145E+01
     -1.321  0.6156E-01  0.1625E-01  0.1119E+01
     -1.208  0.4623E-01  0.1530E-01  0.1094E+01
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19楼2009-11-26 16:13:23
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chimegreen

木虫 (正式写手)
强人啊
此贴要顶
谢谢lz
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20楼2009-11-26 16:20:36
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kaiwddf

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

如此伟大的人真不多见，真诚的赞一个
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21楼2009-11-26 18:03:20
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qqpie

木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主强人!@@
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22楼2009-11-26 22:27:35
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fox-fox

木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习了。
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24楼2009-11-27 12:47:34
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ddang100

银虫 (小有名气)
强烈支持
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26楼2009-11-28 17:13:26
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
修正了很多bug，请及时更新.谢谢！
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27楼2009-12-04 17:59:46
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yunml

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wangle_xq at 2009-11-26 00:43:
支持，回头发送测试结果。
不知道有没有考虑组织一个开发团队。我有兴趣参与。打造中国人自己的VASP处理软件。


希望哪天有中国人自己写的VASP，当然还要超过它。处理软件，可以交给三弟做。
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28楼2009-12-05 09:43:38
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
下一步目标是写简单的第一性原理程序！希望有兴趣的朋友多交流，再次谢谢大家的热心讨论
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29楼2009-12-05 10:22:43
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天路堂主

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 灯塔守望者 at 2009-11-25 13:32:29:
相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛，网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本，不过要么只针对于某一个问题，要么使用不太友好。为此，我弄了一个软件包 (vaspkit)，把结构可视化，提取态密度，能 ...

为什么我得出的pdos.dat文件只有一个？后面的把前面的数据都覆盖掉了，怎么样得到每个原子的pdos.dat文件，比如说像1pdos.dat,2pdos.dat,3pdos.dat等等？
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30楼2010-12-03 15:30:31
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awmc2008

至尊木虫 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习学习，谢谢楼主。
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31楼2010-12-03 21:44:59
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xiaowenzhi16

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢灯塔给我们的光明。这东西是好东西。不知道后期的功能实现了没有。
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32楼2010-12-04 08:25:25
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hakuna

木虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错，下来玩玩
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33楼2010-12-04 10:49:20
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kgdu

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢了，支持
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34楼2010-12-04 13:22:01
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zhangtr

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

zan ~~
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35楼2010-12-05 17:39:18
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ddang100

银虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不错，大家努力
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36楼2010-12-05 19:00:34
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
★
youzhizhe(金币+1):期待你的更新哦，抓紧哈…… 2010-12-05 22:50:38
谢谢各位同行的支持，过段时间，我打算更新一下这个程序。以后多交流
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37楼2010-12-05 19:04:25
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nkleof

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 灯塔守望者 at 2009-11-25 13:32:29:
相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛，网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本，不过要么只针对于某一个问题，要么使用不太友好。为此，我弄了一个软件包 (vaspkit)，把结构可视化，提取态密度，能 ...

你是vaspkit的原作者？我用过vaspkit-0.14，发现一些问题，修改过其中一些模块的代码。其中能带处理的部分在体系比较大，比如nbd=600，nkd=300的情况下会出错，这个问题的根源好像是数组定义超出了fortran里面最大容许值，但是一些超胞的计算里nbd确实很大。还有从PROCAR里读取数据的部分好像原来的代码不对，或者可能和vasp5的格式不匹配，结果读取出来的轨道占据因子occ不正确，还有不知道为什么设定读取的列数为4，是设计时仅考虑包括p轨道的情况？在有d轨道的情况下读取的数据列应该为9啊。另外在处理CHGCAR文件时会由于文件中的元素符号一行出现错误，这个应该是由于vasp5的格式改变引起的了，不知道在新版里面有没有更新。
vaspkit是一个不错的程序包，lz能够开发并公布出来给大家用是非常热心的给大家做了贡献，希望能够不断的开发和完善。
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38楼2010-12-06 16:56:09
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by nkleof at 2010-12-06 17:56:09:

你是vaspkit的原作者？我用过vaspkit-0.14，发现一些问题，修改过其中一些模块的代码。其中能带处理的部分在体系比较大，比如nbd=600，nkd=300的情况下会出错，这个问题的根源好像是数组定义超出了fortran里面最 ...

谢谢和欢迎你的提议和修改。原来编写这个程序是基于vasp 4.6, vasp 5.2的格式与4.6在CHGCAR文件格式等方面略有不同。当时花了一周时间在边学fortran边写vaspkit的情况下弄得，程序的确有一些粗糙。以至于升级变得很麻烦，我想把一部分重写一下，采用module传递变量，以后增加电荷密度的xrysden格式，以及差分电荷密度，自旋向上向下等电荷密度等等（先简单后复杂）。最近实在有些忙，欢迎其他朋友提出宝贵意见，谢谢！

[ Last edited by 灯塔守望者 on 2010-12-6 at 20:09 ]
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39楼2010-12-06 19:07:00
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za5010

铁虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

支持楼主，鼓励原创！
拿来借鉴，有需要还是自己写来得顺手...
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40楼2010-12-06 21:30:57
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xiaowenzhi16

铁杆木虫 (正式写手)
运用VASPKIT确实不错，但是在能带输出时候似乎总等到不能输出上下自旋能带的，上自旋没有数据输出，文件为空，下自旋有数据但是似乎不对。提示为：Floating point exception.不知道什么原因。多谢灯塔守望的不懈努力。
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41楼2010-12-29 15:48:45
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ddang100

银虫 (小有名气)
用的时候每次都要吧所有的文件拷到vaspkit0.14文件夹中吗？能不能直接在工作目录下运行呢，否则挺麻烦的

[ Last edited by ddang100 on 2011-3-4 at 17:31 ]
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42楼2011-03-04 17:05:47
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ddang100 at 2011-03-04 18:05:47:
用的时候每次都要吧所有的文件拷到vaspkit0.14文件夹中吗？能不能直接在工作目录下运行呢，否则挺麻烦的

[ Last edited by ddang100 on 2011-3-4 at 17:31 ]

没有必要啊，你把vaspkit放到～/bin/
每次直接在你的作业下运行～/bin/vaspkit，不用拷贝你的数据。
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43楼2011-03-05 13:28:56
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灯塔守望者

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xiaowenzhi16 at 2010-12-29 16:48:45:
运用VASPKIT确实不错，但是在能带输出时候似乎总等到不能输出上下自旋能带的，上自旋没有数据输出，文件为空，下自旋有数据但是似乎不对。提示为：Floating point exception.不知道什么原因。多谢灯塔守望的不懈努 ...

这个程序的确有一些bug,现在事情太多了，实在想重新写，但总是力不从心。希望有朋友参与就好了。
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44楼2011-03-05 13:29:57
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天路堂主

银虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

引用回帖:
Originally posted by 灯塔守望者 at 2009-11-25 13:32:29:
相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛，网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本，不过要么只针对于某一个问题，要么使用不太友好。为此，我弄了一个软件包 (vaspkit)，把结构可视化，提取态密度，能 ...

为什么我用vaspkit得到的各原子的pdos加起来不等于总的DOS呢？求指教！
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46楼2011-04-25 15:15:24
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nfsex

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

你好，楼主
     我首先输入vaspkit
             然后我输入ls
                    出现：At line 51 of file mainmenu.f90
Fortran runtime error: Bad integer for item 1 in list input
  这是为什么呢，谢谢楼主，我用的是vasp5.2
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47楼2011-04-26 11:45:24
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llg1987

金虫 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢楼主啊，好资源啊
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48楼2011-04-27 09:00:40
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llg1987

金虫 (知名作家)

0.8

谢谢楼主提供的好资源
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49楼2011-04-27 09:01:08
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简单回复
wuli823楼
2009-11-26 22:51   回复  
 
zdhlover25楼
2009-11-27 22:27   回复  
 
sg1840892645楼
2011-03-05 18:30   回复  
五星好评  
hnuzhoulin50楼
2011-05-04 09:59   回复  
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