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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 提取能带数据脚本
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

[交流] 提取能带数据脚本 已有6人参与

小木虫中很多处理VASP结果的脚本，但一直没有找到一个自己习惯的处理能带数据的脚本，so，干脆自己写一个吧
此python脚本需要读取KPOINTS、OUTPUT和EIGENVEL文件，其中KPOINT文件中要求是能带计算的line-mode，并且每个特殊k点的符号也要写上
最后输出band.txt结果，包括k点的序号、符号、累加的距离、k点坐标、及对应各条能带的能量值。
重复的k点已经去掉了，也可以自己修改显示出来。用origin导入就可以直接画图了。
希望大家喜欢，多提意见，多多交流忘记说了，脚本是基于python的，复制到结果所在文件夹，直接执行
./transband.py即可得到band.txt结果文件。
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  • 附件 1 : transband.py
    • 2014-08-26 16:27:05, 3.43 K

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1楼 2014-08-26 16:26:08
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

lfhuang

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
能带不仅可以提取，还可以按照本征矢进行排序的：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=345795&do=blog&quickforward=1&id=641013
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先进使役材料计算（https://aidme.nimte.ac.cn）
4楼2014-08-26 22:31:05
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by xujc1983 at 2014-08-27 09:02:49
xml里的结果太多，如果只是看能带结构的话，我个人觉着直接看ELGENVEL来的省事...

xml处理不麻烦，而且比直接读文本更容易点。
比如读能带的：
xml = etree.ElementTree(file = ‘vasprun.xml’）
def get_spin_polarized(xml):
    ispin = xml.xpath(r'//separator[@name="electronic spin"]/i[@name="ISPIN"]')
    ispin = int(ispin[0].text)
    return ispin == 2
def get_bands(xml, is_spin_polarized):
    band_path = r'//calculation/eigenvalues/array/set/set[@comment="spin {}"]/set[{}]/r'
    high_kpts = xml.xpath(r'//kpoints/generation[@param="listgenerated"]/v')
    kpts = xml.xpath(r'/modeling/kpoints/varray[@name="kpointlist"]/v')
    eigs = []
    for i in xrange(len(kpts)):
        eigs.append(xml.xpath(band_path.format(1, i + 1)))
    if is_spin_polarized:
        for i in xrange(len(kpts)):
            eigs.append(xml.xpath(band_path.format(2, i + 1)))
    bands = []
    dk = 0.0
    def kpdist(i, j):
        ki = [float(i) for i in kpts.text.split()]
        kj = [float(i) for i in kpts[j].text.split()]
        return ((kj[0] - ki[0])**2 + (kj[1] - ki[1])**2 + (kj[2] - ki[2])**2)**0.5
    for i in xrange(len(kpts)):
        if i > 0:
            dk += kpdist(i, i - 1)
        cb = [dk]
        for j in xrange(len(eigs[0])):
            cb.append(float(eigs[j].text.split()[0]))
        if is_spin_polarized:
            for j in xrange(len(eigs[0])):
                cb.append(float(eigs[i + len(kpts)][j].text.split()[0]))
        bands.append(cb)
    lines = []
    if high_kpts:
        ck = high_kpts[0]
        dk = 0.0
        for ik in high_kpts:
            ki = [float(i) for i in ck.text.split()]
            kj = [float(i) for i in ik.text.split()]
            dk += ((kj[0] - ki[0])**2 + (kj[1] - ki[1])**2 + (kj[2] - ki[2])**2)**0.5
            ck = ik
            lines.append(dk)
    return bands, line
这样不论是否用line都不会有问题，而且只要很少修改就能处理fatband的计算。
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要夢遊，不要催眠。
8楼2014-08-27 13:28:16
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普通回帖

huterx

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
真的很厉害 谢谢LZ贡献
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2楼2014-08-26 16:46:06
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头狼2013

金虫 (正式写手)
顶一个

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-08-26 19:38:02
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绿遍山原

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
其实算完后直接用xml读取更方便，除了电荷密度波函数，所有计算结果都在里面。
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要夢遊，不要催眠。
5楼2014-08-27 08:20:56
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
4楼: Originally posted by lfhuang at 2014-08-26 22:31:05
能带不仅可以提取，还可以按照本征矢进行排序的：
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=345795&do=blog&quickforward=1&id=641013

厉害
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6楼2014-08-27 09:02:04
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
5楼: Originally posted by 绿遍山原 at 2014-08-27 08:20:56
其实算完后直接用xml读取更方便，除了电荷密度波函数，所有计算结果都在里面。

xml里的结果太多，如果只是看能带结构的话，我个人觉着直接看ELGENVEL来的省事
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7楼2014-08-27 09:02:49
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚
引用回帖:
8楼: Originally posted by 绿遍山原 at 2014-08-27 13:28:16
xml处理不麻烦，而且比直接读文本更容易点。
比如读能带的：
xml = etree.ElementTree(file = ‘vasprun.xml’）
def get_spin_polarized(xml):
    ispin = xml.xpath(r'//separator/i')
    ispin = int(is ...

强，学习学习
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9楼2014-08-27 13:55:23
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Oristle

新虫 (初入文坛)
很好用，感谢分享
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10楼2015-08-28 17:17:02
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