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赵红霞铁杆木虫 (著名写手)
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MS-力场分配问题
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我想用MS的Forcite模块做动力学，模型是一个有机分子（只包含C、H、O）在溶液盒子中，分子带了部分负电荷（羧基，含有一个C=O双键）， 溶液中添加了Na离子，整体呈电中性。在做动力学之前，进行构型优化的输出文件（详见下文）提醒部分键没有分配到力场， 可是我的模型我已经用discover中的typing选项 calculate过了。请高手指教。 ---- Geometry optimization parameters ---- Algorithm : Conjugate gradient Convergence tolerance: Energy : 0.0001 kcal/mol Force : 0.005 kcal/mol/A Stress : 0.005 GPa Displacement : 5e-005 A Maximum number of iterations : 200 External pressure : 0 GPa Motion groups rigid : NO Optimize cell : NO ---- Energy parameters ---- Forcefield : COMPASS Electrostatic terms: Summation method : Ewald Accuracy : 0.0001 kcal/mol Buffer width : 0.5 A van der Waals terms: Summation method : Atom based Truncation method : Cubic spline Cutoff distance : 12.5 A Spline width : 1 A Buffer width : 0.5 A 2 bond stretch(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters. 6 inversion(s) have been deleted from the energy expression as they have no forcefield parameters. |
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赵红霞
铁杆木虫 (著名写手)
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