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用lammps作PMF不平衡
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各位大神，我尝试用LAMMPS中fix smd命令做PMF。体系是中间为石墨烯，是石墨烯左右两边是NaCl溶液。准备分别做钠离子、氯离子和水的PMF.但运行的结果，却是左右不对称。请各位大神帮我看看出现什么问题了。谢谢！！！ units real atom_style full neighbor 2.0 bin boundary p p p read_data H-PMF.data #lj potentials pair_style lj/cut/coul/long 10.0 pair_coeff 1 1 0.07 3.55 pair_coeff 2 2 0.07 3.55 pair_coeff 3 3 0.03 2.42 pair_coeff 4 4 0.1553 3.166 pair_coeff 5 5 0 0 pair_coeff 6 6 0.1 2.583 pair_coeff 7 7 0.1 4.401 pair_coeff 8 8 0.1553 3.166 pair_coeff 9 9 0 0 pair_coeff 10 10 0.1 2.583 pair_coeff 11 11 0.1 4.401 pair_coeff 12 12 0.1553 3.166 pair_coeff 13 13 0 0 pair_modify mix arithmetic #special_bonds charmm bond_style harmonic bond_coeff 1 469 1.40 bond_coeff 2 367 1.080 bond_coeff 3 450 1.0 bond_coeff 4 450 1.0 angle_style harmonic angle_coeff 1 63 120 angle_coeff 2 35 120 angle_coeff 3 55 109.47 angle_coeff 4 55 109.47 #special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5 neigh_modify delay 0 every 1 check yes kspace_style pppm 1.0e-4 #kspace_modify slab 3.0 special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 0.5 #define groups group GHE type 1 2 3 group shui1 type 4 5 12 13 group shui2 type 8 9 group LJ type 6 7 10 11 group shui union shui1 shui2 group and union shui LJ group smd-w type 12 13 neigh_modify exclude group GHE GHE #neigh_modify exclude type 9 9 #neigh_modify delay 0 every 1 #minimize 1.0e-4 1.0e-6 100 1000 #velocity and create 298.0 4928459 units box velocity GHE set 0.0 0.0 0.0 units box fix 1 GHE setforce 0 0 0 fix 2 and nvt temp 298.0 298.0 100.0 fix 3 GHE rigid/nvt group 1 GHE temp 298.0 298.0 100.0 force * off off off torque * off off off fix 4 smd-w rigid group 1 smd-w force * off off on torque * off off off fix 5 shui shake 0.0001 20 0 b 3 4 a 3 4 fix 6 smd-w smd cvel 20 -0.000005 tether NULL NULL 15 0.0 |
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2楼2017-06-09 16:00:21
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