24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 1352  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

糊涂难得

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求大神帮忙建进化树 已有2人参与

我用的微生物是从土壤当中提取的,DNA提取-PCR扩增获得16s  rRNA,送上海生工测序获得序列。获得的序列经NCBI-Blast得到相似的序列,MEGA建进化树。(序列的方向已经调整)。但是有两株菌(WH-R1、WH-R2)无论怎么建,都不能和Blast出来的序列聚在一起,而且就像是个外群一样的。但是他们的序列相似性和同源性已经很高了。也不了解为什么就是聚不到一起来(有图)。      我又把WH-R1这株菌的序列复制成5个一样的,在MEGA里面建树,得到的进化树更加奇怪(有图,菌株名称5、6、7、8、9)。。。。   不知道有没有大神能帮我解答这个问题, 小弟感激不尽。

求大神帮忙建进化树
问题1.jpg


求大神帮忙建进化树-1
问题2.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

有多少面对挫败的勇气,就会获得多大的胜利。。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

糊涂难得

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 电魂 at 2014-07-14 20:36:17
你MEGA的参数设置的对吗,这树各姐妹群之间根本没有可信度,肯定是构树中间有问题,还有它们的16S有没有采用Mega 软件中的Clustal W进行比对,这种比对方式可以避免密码子的破坏和核苷酸移位的发生, 以获得各序列的 ...

Mega参数不是默认的么,我是参照别人的参数,应该没有问题~~~Clustal W 我也比对过了。   不知道是什么原因。。
有多少面对挫败的勇气,就会获得多大的胜利。。
5楼2014-07-15 00:32:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

andylihuilai

新虫 (小有名气)


【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
糊涂难得(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-14 18:24:49
糊涂难得: 金币+2, 有帮助 2014-07-15 00:29:18
兄弟,你的系统发育树只显示了菌株间的拓扑关系,没有显示遗传举例,具体可以在mega中导航处点击Tree/Branch style,应该就可以了,你试试?
2楼2014-07-14 15:40:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

电魂

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
糊涂难得: 金币+2, 有帮助 2014-07-15 00:30:18
你MEGA的参数设置的对吗,这树各姐妹群之间根本没有可信度,肯定是构树中间有问题,还有它们的16S有没有采用Mega 软件中的Clustal W进行比对,这种比对方式可以避免密码子的破坏和核苷酸移位的发生, 以获得各序列的同源性位点。
3楼2014-07-14 20:36:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

糊涂难得

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by andylihuilai at 2014-07-14 15:40:04
兄弟,你的系统发育树只显示了菌株间的拓扑关系,没有显示遗传举例,具体可以在mega中导航处点击Tree/Branch style,应该就可以了,你试试?

改变了也还不行啊。。
有多少面对挫败的勇气,就会获得多大的胜利。。
4楼2014-07-15 00:29:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求助调剂,跨调 +18 X十甫寸Y 2026-04-11 19/950 2026-04-14 19:26 by Art1977
[考研] 药学305求调剂 +10 玛卡巴卡boom 2026-04-10 10/500 2026-04-14 15:55 by zs92450
[考研] 366求调剂 +11 不知名的小卅 2026-04-11 11/550 2026-04-14 15:50 by zs92450
[考研] 药学求调剂 +6 RussHu 2026-04-12 7/350 2026-04-14 15:16 by sxdj2
[考研] 本科211,报考085601-310分 +16 ararak 2026-04-13 16/800 2026-04-14 14:55 by Delta2012
[考研] 一志愿西交机械专硕求调剂 +9 求上岸的小王 2026-04-10 9/450 2026-04-13 16:08 by jiangguiquan11
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-11 11/550 2026-04-13 10:38 by wp06
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 求调剂288 +7 ioodiiij 2026-04-10 9/450 2026-04-13 08:33 by Hayaay
[考研] 326求调剂 +6 Shansyn 2026-04-10 6/300 2026-04-12 09:46 by hammer3
[考研] 070300化学279求调剂 +19 哈哈哈^_^ 2026-04-08 20/1000 2026-04-11 20:43 by stoner78
[考研] 求调剂 +3 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 14:13 by luhong1990
[考研] 283求调剂 +22 那个噜子 2026-04-09 22/1100 2026-04-11 10:41 by 逆水乘风
[考研] 广东省 085601 329分求调剂 +14 Eddieddd 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:58 by bljnqdcc
[考研] 本科211 工科085400 280分求调剂 可跨专业 +11 LZH(等待调剂中 2026-04-10 11/550 2026-04-11 08:39 by zhq0425
[考研] 调剂 化学 307 +21 73372112 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 23:53 by wj165256
[考研] 083200 305分 求二轮调剂 不接受跨专业 +9 Claireyyyy 2026-04-09 10/500 2026-04-10 21:21 by Claireyyyy
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 本科西工大 0856 324求调剂 +10 wysyjs25 2026-04-09 11/550 2026-04-10 08:37 by 5268321
[考研] 311求调剂 +6 surte 2026-04-08 13/650 2026-04-09 14:00 by surte
信息提示
请填处理意见