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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求大神帮忙建进化树
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糊涂难得

铜虫 (初入文坛)

[求助] 求大神帮忙建进化树 已有2人参与

我用的微生物是从土壤当中提取的，DNA提取-PCR扩增获得16s  rRNA，送上海生工测序获得序列。获得的序列经NCBI-Blast得到相似的序列，MEGA建进化树。（序列的方向已经调整）。但是有两株菌（WH-R1、WH-R2）无论怎么建，都不能和Blast出来的序列聚在一起，而且就像是个外群一样的。但是他们的序列相似性和同源性已经很高了。也不了解为什么就是聚不到一起来（有图）。      我又把WH-R1这株菌的序列复制成5个一样的，在MEGA里面建树，得到的进化树更加奇怪（有图，菌株名称5、6、7、8、9）。。。。   不知道有没有大神能帮我解答这个问题， 小弟感激不尽。

求大神帮忙建进化树
问题1.jpg


求大神帮忙建进化树-1
问题2.jpg
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有多少面对挫败的勇气，就会获得多大的胜利。。
1楼 2014-07-13 15:33:25
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andylihuilai

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
糊涂难得(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-14 18:24:49
糊涂难得: 金币+2, ★有帮助 2014-07-15 00:29:18
兄弟，你的系统发育树只显示了菌株间的拓扑关系，没有显示遗传举例，具体可以在mega中导航处点击Tree/Branch style,应该就可以了，你试试？
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2楼2014-07-14 15:40:04
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电魂

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
糊涂难得: 金币+2, ★有帮助 2014-07-15 00:30:18
你MEGA的参数设置的对吗，这树各姐妹群之间根本没有可信度，肯定是构树中间有问题，还有它们的16S有没有采用Mega 软件中的Clustal W进行比对，这种比对方式可以避免密码子的破坏和核苷酸移位的发生, 以获得各序列的同源性位点。
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3楼2014-07-14 20:36:17
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糊涂难得

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andylihuilai at 2014-07-14 15:40:04
兄弟，你的系统发育树只显示了菌株间的拓扑关系，没有显示遗传举例，具体可以在mega中导航处点击Tree/Branch style,应该就可以了，你试试？

改变了也还不行啊。。
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有多少面对挫败的勇气，就会获得多大的胜利。。
4楼2014-07-15 00:29:49
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糊涂难得

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 电魂 at 2014-07-14 20:36:17
你MEGA的参数设置的对吗，这树各姐妹群之间根本没有可信度，肯定是构树中间有问题，还有它们的16S有没有采用Mega 软件中的Clustal W进行比对，这种比对方式可以避免密码子的破坏和核苷酸移位的发生, 以获得各序列的 ...

Mega参数不是默认的么，我是参照别人的参数，应该没有问题~~~Clustal W 我也比对过了。   不知道是什么原因。。
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有多少面对挫败的勇气，就会获得多大的胜利。。
5楼2014-07-15 00:32:46
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总会天晴

新虫 (初入文坛)
我想弱弱的问一下建立进化树的条件是什么？我通过转录组测序后，有两个目的基因，我可以直接建立进化树吗？利用碱基建进化树和转化为氨基酸建进化树有什么区别？
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天下本无事庸人自扰之
6楼2014-09-25 15:59:42
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