| 查看: 1594 | 回复: 2 | ||
fanghongmei金虫 (初入文坛)
|
[求助]
Amber做能量最小化时输出文件的问题
|
|
记得以前看到过，用Amber做能量最小化时，首先进行最陡下降法进行计算，然后对体系进行共轭梯度的计算，直到min.out文件中的GMAX项达到E-01才可以进行下面的加热过程。但是我不断的增加了 最陡下降法和 共轭梯度法 的次数 ，发现自己的体系就是达不到上述要求。所以想请教各位前辈：GMAX的具体含义是什么？为什么它需要满足 E-01的要求呢？需要改变那些参数才能满足上述要求？或者各位有没有学习输出文件的相关资料呢？ 问题有点多，先谢谢大家的耐心，同时也期待大家的解答！ |
回复此楼» 猜你喜欢
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有3人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有5人回复
-
有70后还继续奋斗在职场上的吗？
已经有6人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
退学或坚持读
已经有27人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
- 计算出现错误 遇到错误什么的最痛苦了
已经有8人回复
- namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
- 分子能量如何判断
已经有6人回复
- discover做能量最小化的时候总是计算失败（如图1）
已经有7人回复
- Chemdrow 3D MM2最小化能量模拟出的结构与ROESY不符怎么办？
已经有4人回复
- MS discover dynanic报错
已经有10人回复
- ms较大体系在能量最小化时算到结束突然跳出“应用程序发生异常……”的对话框
已经有8人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 为什么要进行能量最小化？
已经有7人回复
- 分子能量最小化的软件有哪些？
已经有6人回复
- 【分享】LAMMPS的语法中文解释
已经有137人回复
- 【求助】求一个gromacs的中文教程，包括安装的部分，小弟新手，从零学起
已经有8人回复
- 【求助】用TDDFT优化出来激发态之后的布居分析
已经有20人回复
fanghongmei
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 517.3
- 帖子: 38
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 2850242
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-07-10 08:46:17
3楼2018-11-08 14:36:09