| 查看: 1635 | 回复: 2 | ||
fanghongmei金虫 (初入文坛)
|
[求助]
Amber做能量最小化时输出文件的问题
|
|
记得以前看到过,用Amber做能量最小化时,首先进行最陡下降法进行计算,然后对体系进行共轭梯度的计算,直到min.out文件中的GMAX项达到E-01才可以进行下面的加热过程。但是我不断的增加了 最陡下降法和 共轭梯度法 的次数 ,发现自己的体系就是达不到上述要求。所以想请教各位前辈:GMAX的具体含义是什么?为什么它需要满足 E-01的要求呢?需要改变那些参数才能满足上述要求?或者各位有没有学习输出文件的相关资料呢? 问题有点多,先谢谢大家的耐心,同时也期待大家的解答! |
» 猜你喜欢
2026年申博-电池方向
已经有4人回复
26年博士申请自荐-电催化
已经有9人回复
申博自荐
已经有9人回复
研究生做的很差,你们会让毕业吗?
已经有11人回复
求碳排放博导;方向是LCA、生命周期可持续发展以及碳排放
已经有7人回复
2026博士申请求助
已经有4人回复
2026博士或科研助理转27年博士
已经有7人回复
急招2026年9月份入学博士
已经有3人回复
国自科送审了吗
已经有11人回复
博士招生
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:
求助NAMD模拟后的结果如何处理
已经有10人回复
计算出现错误 遇到错误什么的最痛苦了
已经有8人回复
namd能量最小化完成后给我的十几个文件怎么没有pdb格式的呀
已经有6人回复
分子能量如何判断
已经有6人回复
discover做能量最小化的时候总是计算失败(如图1)
已经有7人回复
Chemdrow 3D MM2最小化能量模拟出的结构与ROESY不符怎么办?
已经有4人回复
MS discover dynanic报错
已经有10人回复
ms较大体系在能量最小化时算到结束突然跳出“应用程序发生异常……”的对话框
已经有8人回复
用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
为什么要进行能量最小化?
已经有7人回复
分子能量最小化的软件有哪些?
已经有6人回复
【分享】LAMMPS的语法中文解释
已经有137人回复
【求助】求一个gromacs的中文教程,包括安装的部分,小弟新手,从零学起
已经有8人回复
【求助】用TDDFT优化出来激发态之后的布居分析
已经有20人回复
fanghongmei
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 517.3
- 帖子: 38
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 2850242
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-07-10 08:46:17
3楼2018-11-08 14:36:09












回复此楼