24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

钟钟91

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 42
帖子: 5
在线: 2.8小时
虫号: 3077705
注册: 2014-03-21
专业: 植物生理与生化

[求助] 怎么在转录组FA文件中找到需要的基因序列已有1人参与

已知gene ID，比如c48872.graph_c0，如何找到对应的序列，小虫初接触实验，不会perl语言，有没有人能用perl写个程序帮帮忙，再说下具体操作步骤，小虫感激不尽

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

怎么找到一个基因的DNA序列已经有11人回复
在转录组测序过程中，是怎么排除扩增偏好性对基因差异表达计算的影响的？已经有9人回复
转录组测序结果的“raw data”和“clean data”里为什么全是100bp的序列？已经有21人回复
请教，有转录组高通量测序的得到的差异表达基因，筛选几个基因出来进行功能鉴定已经有9人回复
求助转录组测序完成后，后续荧光定量、基因克隆引物设计问题已经有8人回复
为什么转录因子结合很多基因调控序列却不影响基因表达？已经有8人回复
转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答已经有5人回复
撒尽金币，求SF1基因的启动子序列，或者是转录起始位点的前2000bp 已经有9人回复
怎么从转录组序列里提取ORF啊？已经有7人回复
急！急！急！对转录组测序结果进行验证，如何选定基因已经有9人回复
转录组差异基因寻找(植物病理跟生信的大神留步！！！) 已经有3人回复
转录组测序还是基因组测序？已经有6人回复
华大基因动植物转录组产品说明书（内部资料）已经有170人回复
基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化已经有8人回复
土壤微生物基因组学/蛋白质组学/转录组学的研究已经有10人回复
2011NSFC申请时写的用基因芯片，现在准备改成转录组测序，不知这样调整行不行？已经有6人回复
国内哪家公司做基因芯片转录组学研究服务比较好已经有20人回复

1楼 2014-06-25 14:56:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bright8

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 26 (小学生)
金币: 5937.1
散金: 955
红花: 5
帖子: 1333
在线: 109.9小时
虫号: 1476736
注册: 2011-11-04
性别: GG
专业: 生物物理、生物化学与分子

引用回帖:

2楼: Originally posted by 大爷给跪了 at 2014-07-15 13:51:41
三种方法：
1，打开fa文件，把你的名字放进去，一个一个搜
2，blast本地化里有个程序，可以批量提取的。blastdbcmd。你只要把序列的名字以逗号隔开，然后在-entry 后复制粘贴进去以逗号隔开的序列明，就全出来了。 ...

本地blast比对后，怎么样提取比对上的序列估计500多左右？求指点。