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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么在转录组FA文件中找到需要的基因序列
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钟钟91

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎么在转录组FA文件中找到需要的基因序列已有1人参与

已知gene ID，比如c48872.graph_c0，如何找到对应的序列，小虫初接触实验，不会perl语言，有没有人能用perl写个程序帮帮忙，再说下具体操作步骤，小虫感激不尽
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1楼2014-06-25 14:56:33
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
钟钟91(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-15 18:51:59
三种方法：
1，打开fa文件，把你的名字放进去，一个一个搜
2，blast本地化里有个程序，可以批量提取的。blastdbcmd。你只要把序列的名字以逗号隔开，然后在-entry 后复制粘贴进去以逗号隔开的序列明，就全出来了。
3，就是用perl了，这个我不会。
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2楼2014-07-15 13:51:41
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bright8

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 大爷给跪了 at 2014-07-15 13:51:41
三种方法：
1，打开fa文件，把你的名字放进去，一个一个搜
2，blast本地化里有个程序，可以批量提取的。blastdbcmd。你只要把序列的名字以逗号隔开，然后在-entry 后复制粘贴进去以逗号隔开的序列明，就全出来了。 ...

本地blast比对后，怎么样提取比对上的序列估计500多左右？求指点。
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3楼2020-11-21 09:55:00
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