应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 医学 » 基础 » tagSNP到底怎么代表一个基因上的所有SNP的，求指教。。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3482  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

雪梨木木

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] tagSNP到底怎么代表一个基因上的所有SNP的，求指教。。 已有1人参与

本人菜鸟一枚，希望大神不要见笑。
就是这个困扰我很久的问题：Haploview分析出来的结果比如说3个SNP在一个单倍型区域。比方说rs1234，rs5678，rs4321，那如果rs1234被选为tagSNP，我就做rs1234与某疾病的关联。结果显示rs1234确实与该病相关，那么作为tagSNP的rs1234是否就可以说明rs5678和rs4321也与该病相关呢？如若不是，那rs1234作为tagSNP的意义何在？盘大神指教~~~急
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-06-16 22:32:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rb

兑换贵宾

小笨虫虫

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
4楼: Originally posted by 雪梨木木 at 2014-06-18 00:39:17
谢谢rb，学到了还有一个想请教的：如果这三个SNP组成一个单倍型框，那么我选择做哪个SNP对结果是否会产生影响，因为Haploview在选tagSNP的时候貌似是随机的，每次结果不一样。...

对结果没有影响，不过一般我们倾向于先选有功能的SNP。
不过当点比较多的时候要选有代表性的，就是选一个SNP代表的越多越好。Haploview在选tagSNP我们往往以r（2）>0.8作为一个选择标准。
赞一下 回复此楼
寝室楼的大爷、大妈都是哲学家，他们每天都在思考人类最根本的三个问题：你是谁？你从哪儿来？要去哪儿？
5楼2014-06-18 01:24:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

rb

专家顾问

小笨虫虫

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
雪梨木木(silicare代发): 金币+5, 谢谢参与 2014-06-18 16:10:45
tagSNP涉及到单倍型的问题!。比方说rs1234，rs5678，rs4321三个SNP，假定是G、C突变，G、T突变和A、T突变，这些突变不是随意组合的，而是趋向于一种组合方式，比如一条染色体是GGT,另一条是CCA。因为在基因组中，有些区域是较为紧密连锁在一起的，这个区域可大可小，组成一个单倍型框，在区域里也会存在其它SNP。人们没有必要把这些SNP都找出来，因为它们往往就像是捆绑在一起的。于是从中选出一个代表性的SNP，它可以反映这个区域的情况。
如果tagSNP rs1234确实与该病相关，那么作为tagSNP的rs1234不仅说明rs5678和rs4321与该病相关，整个区域其它SNP也与疾病相关，但是哪个是功能性SNP无法通过tagSNP找到。
赞一下(1人) 回复此楼
寝室楼的大爷、大妈都是哲学家，他们每天都在思考人类最根本的三个问题：你是谁？你从哪儿来？要去哪儿？
2楼2014-06-17 01:59:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myyounger

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
路过顺便顶一下 祝楼主一切顺利！
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2014-06-17 23:22:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雪梨木木

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by rb at 2014-06-17 01:59:41
tagSNP涉及到单倍型的问题!。比方说rs1234，rs5678，rs4321三个SNP，假定是G、C突变，G、T突变和A、T突变，这些突变不是随意组合的，而是趋向于一种组合方式，比如一条染色体是GGT,另一条是CCA。因为在基因组中，有 ...

谢谢rb，学到了还有一个想请教的：如果这三个SNP组成一个单倍型框，那么我选择做哪个SNP对结果是否会产生影响，因为Haploview在选tagSNP的时候貌似是随机的，每次结果不一样。
赞一下 回复此楼
4楼2014-06-18 00:39:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 359求调剂 +7 邓邓邓书书 2026-03-25 7/350 2026-03-31 23:15 by fs26jie
[考研] 一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-31 5/250 2026-03-31 23:08 by liu823948201
[考研] 304求调剂 +8 素年祭语 2026-03-31 11/550 2026-03-31 18:20 by 无际的草原
[考研] 070300化学354求调剂 +15 101次希望 2026-03-28 15/750 2026-03-31 17:58 by jp9609
[考研] 070300一志愿211，312分求调剂院校 +12 小黄鸭宝 2026-03-30 12/600 2026-03-31 17:53 by 544594351
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
[考研] 材料求调剂 一志愿哈工大总分298分，前三科223分 +11 dongfang59 2026-03-27 11/550 2026-03-31 16:51 by Wang200018
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突， 2026-03-31 5/250 2026-03-31 11:29 by 北风之神.
[考研] 276求调剂 +3 赵久华 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[考研] 一志愿食品科学与工程083200求调剂 +4 XQTJZ 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:10 by fmesaito
[考研] 生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338 +7 YYYYYNNNNN 2026-03-26 9/450 2026-03-30 20:29 by YYYYYNNNNN
[考研] 304材料求调剂 +5 钟llll 2026-03-26 5/250 2026-03-30 19:37 by 源_2020
[考研] 一志愿厦门大学材料工程专硕354找调剂！！！ +5 贝呗钡钡 2026-03-30 5/250 2026-03-30 18:16 by 无际的草原
[考研] 0703 化学 求调剂，一志愿山东大学 342 分 +7 Shern—- 2026-03-28 7/350 2026-03-30 16:31 by nothing投稿中
[考研] 324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-26 11/550 2026-03-30 14:27 by JourneyLucky
[考研] 环境科学与工程334分求调剂 +6 王一一依依 2026-03-30 8/400 2026-03-30 11:52 by yjolah
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕 +6 @taotao 2026-03-26 7/350 2026-03-30 10:43 by 我是小康
[考研] 总分293求调剂 +8 加一一九 2026-03-25 11/550 2026-03-29 19:53 by 无际的草原
[考研] 321求调剂 +7 璞玉~~ 2026-03-25 8/400 2026-03-29 06:41 by 544594351
[考研] 0703化学求调剂，各位老师看看我！！！ +5 祁祺祺 2026-03-25 5/250 2026-03-27 21:44 by 东方猪猪
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭