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tagSNP到底怎么代表一个基因上的所有SNP的，求指教。。 已有1人参与
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本人菜鸟一枚，希望大神不要见笑。 就是这个困扰我很久的问题：Haploview分析出来的结果比如说3个SNP在一个单倍型区域。比方说rs1234，rs5678，rs4321，那如果rs1234被选为tagSNP，我就做rs1234与某疾病的关联。结果显示rs1234确实与该病相关，那么作为tagSNP的rs1234是否就可以说明rs5678和rs4321也与该病相关呢？如若不是，那rs1234作为tagSNP的意义何在？盘大神指教~~~急 |
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rb
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
雪梨木木(silicare代发): 金币+5, 谢谢参与 2014-06-18 16:10:45
感谢参与，应助指数 +1
雪梨木木(silicare代发): 金币+5, 谢谢参与 2014-06-18 16:10:45
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tagSNP涉及到单倍型的问题!。比方说rs1234，rs5678，rs4321三个SNP，假定是G、C突变，G、T突变和A、T突变，这些突变不是随意组合的，而是趋向于一种组合方式，比如一条染色体是GGT,另一条是CCA。因为在基因组中，有些区域是较为紧密连锁在一起的，这个区域可大可小，组成一个单倍型框，在区域里也会存在其它SNP。人们没有必要把这些SNP都找出来，因为它们往往就像是捆绑在一起的。于是从中选出一个代表性的SNP，它可以反映这个区域的情况。 如果tagSNP rs1234确实与该病相关，那么作为tagSNP的rs1234不仅说明rs5678和rs4321与该病相关，整个区域其它SNP也与疾病相关，但是哪个是功能性SNP无法通过tagSNP找到。 |
2楼2014-06-17 01:59:41
myyounger
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3楼2014-06-17 23:22:27
还有一个想请教的：如果这三个SNP组成一个单倍型框，那么我选择做哪个SNP对结果是否会产生影响，因为Haploview在选tagSNP的时候貌似是随机的，每次结果不一样。 4楼2014-06-18 00:39:17
rb
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