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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

[求助] 求助Dmol3的格点文件grd格式说明 已有1人参与

鄙人不才,看了一下MS的help文档中对grd文件的介绍和例子:
DMol3 total electron density            
(1p,e12.5)  
   9.000   8.200   9.400  90.000  90.000  90.000
   45   41   47
    1  -23   22  -20   21  -22   25
0.00000E+00
0.00000E+00
2.57683E-13
1.43774E-12
2.01988E-10
8.71334E-10
1.28986E-09
1.11599E-09
4.72026E-10
1.59762E-11
2.83878E-12
前五行我大致知道什么意思了,不过第五行所谓的"The fastest varying index "是什么意思啊?
另外下面的第六行开始的列数据是按照怎样的顺序排列?到底是怎样与三维空间对应?
非立方格点有没有办法或是程序转换成cube或CHGCAR这样的格式?
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-16 11:57:46
The fastest varying index通常为1,代表x方向的指数变化是最快的,也就是说,读取下面格点数据值时最内层循环的是x序号,例如这样读取
do k=1,nz
        do j=1,ny
                do i=1,nx
                        read(10,*) cubmat(i,j,k)
                end  ...

前辈,现在multiwfn处理grd文件的AIM是不是
还不能支持PBC啊?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-06-16 12:38:50
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-06-16 14:18:30
卡开发发: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-06-16 15:01:38
The fastest varying index通常为1,代表x方向的指数变化是最快的,也就是说,读取下面格点数据值时最内层循环的是x序号,例如这样读取
do k=1,nz
        do j=1,ny
                do i=1,nx
                        read(10,*) cubmat(i,j,k)
                end do
        end do
end do

Multiwfn程序的fileIO.f90里subroutine readgrd就是读取.grd文件的代码,可供参考

非立方格点情况的.grd文件原则上可以转换为.cub,只要适当定义平移矢量即可
2楼2014-06-16 11:57:46
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-06-16 12:38:50
前辈,现在multiwfn处理grd文件的AIM是不是
还不能支持PBC啊?
...

Multiwfn载入grd后可以做AIM盆分析(也包括寻找(3,-3)或(3,+3)临界点),但是不能做拓扑分析。
目前并没有尝试过对周期性体系的grd文件做盆分析,虽然可能能做
4楼2014-06-16 14:27:22
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-16 14:27:22
Multiwfn载入grd后可以做AIM盆分析(也包括寻找(3,-3)或(3,+3)临界点),但是不能做拓扑分析。
目前并没有尝试过对周期性体系的grd文件做盆分析,虽然可能能做...

前辈,之前我试了一下grd做盆分析,非pbc倒是没啥问题,pbc盆积分得到的总电荷总数不太对。我先看看我自己有没有办法处理。

多谢前辈指导。

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5楼2014-06-16 15:01:14
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