应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】用Dmol3 TS search失败的原因，请大伙指点
81/1返回列表
查看: 2359  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xiaojivan

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用Dmol3 TS search失败的原因，请大伙指点已有4人参与

Unable to bracket maximum fron both endpoints
Please check endpoints
cumulative number of energy/gradient call: 17



这是什么意思，求详解
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2011-03-20 15:28:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liancsh

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-03-21 11:04:16
引用回帖:
Originally posted by xiaojivan at 2011-03-20 15:28:10:
Unable to bracket maximum fron both endpoints
Please check endpoints
cumulative number of energy/gradient call: 17



这是什么意思，求详解

估计是你在ts search 前的路径文件的建立过程中出现小问题。
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

毛毛虫_
2楼2011-03-21 09:52:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaojivan

新虫 (小有名气)
是不是把反应物和产物的xsd文件找到，原子配对然后弄出一个xcd文件，然后search这个xcd文件啊？
赞一下 回复此楼
3楼2011-03-21 11:48:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liancsh

铜虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-03-21 15:12:35
引用回帖:
Originally posted by xiaojivan at 2011-03-21 11:48:22:
是不是把反应物和产物的xsd文件找到，原子配对然后弄出一个xcd文件，然后search这个xcd文件啊？

不是xcd图表文件，"c"---Chart，而是xtd路径文件，"t"--- Trajectory
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2011-03-21 14:00:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

charityqi

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-03-21 21:37:39
也就是说根据你给的两个端点（反应物和生成物）的构型不能搜索得到过渡态，可能是你反应物和生成物建立的构型不合理造成的，应该更改反应物或者产物的构型
赞一下(3人) 回复此楼
5楼2011-03-21 21:22:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛虫_

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaojivan at 2011-03-21 11:48:22
是不是把反应物和产物的xsd文件找到，原子配对然后弄出一个xcd文件，然后search这个xcd文件啊？

您好，问题解决了吗？dmol怎么找TS呢？把反应物和产物优化完的xtd文件放到一个文件夹吗？还是怎么弄？计算那个文件的TS呢？
赞一下 回复此楼
努力爬行的小虫子·····
6楼2016-04-24 14:34:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

毛毛虫_

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liancsh at 2011-03-21 09:52:19
估计是你在ts search 前的路径文件的建立过程中出现小问题。...

dmol怎么搜索Ts呢？优化完反应物和产物的结构之后，应该对哪个文件进行TS搜索呢？是自己重新构建一个文件搜索？还是把反应物和产物优化完的结构放到一个文件夹里面，到底是计算哪个文件？
赞一下 回复此楼
努力爬行的小虫子·····
7楼2016-04-24 14:37:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liancsh

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 毛毛虫_ at 2016-04-24 14:37:05
dmol怎么搜索Ts呢？优化完反应物和产物的结构之后，应该对哪个文件进行TS搜索呢？是自己重新构建一个文件搜索？还是把反应物和产物优化完的结构放到一个文件夹里面，到底是计算哪个文件？...

可以参见MS自带的关于dmol3软件的tutorial中Transition-state searching using LST/QST tools这一部分进行，TS搜索应该是对一个路径文件进行计算，如reactant-product.xtd。
赞一下 回复此楼
8楼2016-06-17 11:08:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xiaojivan 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭