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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】用Dmol3 TS search失败的原因，请大伙指点
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xiaojivan

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用Dmol3 TS search失败的原因，请大伙指点 已有4人参与

Unable to bracket maximum fron both endpoints
Please check endpoints
cumulative number of energy/gradient call: 17



这是什么意思，求详解
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1楼 2011-03-20 15:28:10
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liancsh

铜虫 (小有名气)
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zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-03-21 11:04:16
引用回帖:
Originally posted by xiaojivan at 2011-03-20 15:28:10:
Unable to bracket maximum fron both endpoints
Please check endpoints
cumulative number of energy/gradient call: 17



这是什么意思，求详解

估计是你在ts search 前的路径文件的建立过程中出现小问题。
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毛毛虫_
2楼2011-03-21 09:52:19
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xiaojivan

新虫 (小有名气)
是不是把反应物和产物的xsd文件找到，原子配对然后弄出一个xcd文件，然后search这个xcd文件啊？
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3楼2011-03-21 11:48:22
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liancsh

铜虫 (小有名气)
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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-03-21 15:12:35
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Originally posted by xiaojivan at 2011-03-21 11:48:22:
是不是把反应物和产物的xsd文件找到，原子配对然后弄出一个xcd文件，然后search这个xcd文件啊？

不是xcd图表文件，"c"---Chart，而是xtd路径文件，"t"--- Trajectory
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4楼2011-03-21 14:00:09
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charityqi

木虫 (小有名气)
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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-03-21 21:37:39
也就是说根据你给的两个端点（反应物和生成物）的构型不能搜索得到过渡态，可能是你反应物和生成物建立的构型不合理造成的，应该更改反应物或者产物的构型
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5楼2011-03-21 21:22:32
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毛毛虫_

银虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by xiaojivan at 2011-03-21 11:48:22
是不是把反应物和产物的xsd文件找到，原子配对然后弄出一个xcd文件，然后search这个xcd文件啊？

您好，问题解决了吗？dmol怎么找TS呢？把反应物和产物优化完的xtd文件放到一个文件夹吗？还是怎么弄？计算那个文件的TS呢？
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努力爬行的小虫子·····
6楼2016-04-24 14:34:30
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毛毛虫_

银虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by liancsh at 2011-03-21 09:52:19
估计是你在ts search 前的路径文件的建立过程中出现小问题。...

dmol怎么搜索Ts呢？优化完反应物和产物的结构之后，应该对哪个文件进行TS搜索呢？是自己重新构建一个文件搜索？还是把反应物和产物优化完的结构放到一个文件夹里面，到底是计算哪个文件？
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努力爬行的小虫子·····
7楼2016-04-24 14:37:05
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liancsh

铜虫 (小有名气)
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引用回帖:
7楼: Originally posted by 毛毛虫_ at 2016-04-24 14:37:05
dmol怎么搜索Ts呢？优化完反应物和产物的结构之后，应该对哪个文件进行TS搜索呢？是自己重新构建一个文件搜索？还是把反应物和产物优化完的结构放到一个文件夹里面，到底是计算哪个文件？...

可以参见MS自带的关于dmol3软件的tutorial中Transition-state searching using LST/QST tools这一部分进行，TS搜索应该是对一个路径文件进行计算，如reactant-product.xtd。
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8楼2016-06-17 11:08:59
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