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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » 求助Dmol3的格点文件grd格式说明
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

[求助] 求助Dmol3的格点文件grd格式说明 已有1人参与

鄙人不才，看了一下MS的help文档中对grd文件的介绍和例子：
DMol3 total electron density            
(1p,e12.5)  
   9.000   8.200   9.400  90.000  90.000  90.000
   45   41   47
    1  -23   22  -20   21  -22   25
0.00000E+00
0.00000E+00
2.57683E-13
1.43774E-12
2.01988E-10
8.71334E-10
1.28986E-09
1.11599E-09
4.72026E-10
1.59762E-11
2.83878E-12
前五行我大致知道什么意思了，不过第五行所谓的"The fastest varying index "是什么意思啊？
另外下面的第六行开始的列数据是按照怎样的顺序排列？到底是怎样与三维空间对应？
非立方格点有没有办法或是程序转换成cube或CHGCAR这样的格式？
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1楼 2014-06-16 10:47:02
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-06-16 14:18:30
卡开发发: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-06-16 15:01:38
The fastest varying index通常为1，代表x方向的指数变化是最快的，也就是说，读取下面格点数据值时最内层循环的是x序号，例如这样读取
do k=1,nz
        do j=1,ny
                do i=1,nx
                        read(10,*) cubmat(i,j,k)
                end do
        end do
end do

Multiwfn程序的fileIO.f90里subroutine readgrd就是读取.grd文件的代码，可供参考

非立方格点情况的.grd文件原则上可以转换为.cub，只要适当定义平移矢量即可
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2楼2014-06-16 11:57:46
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-16 11:57:46
The fastest varying index通常为1，代表x方向的指数变化是最快的，也就是说，读取下面格点数据值时最内层循环的是x序号，例如这样读取
do k=1,nz
        do j=1,ny
                do i=1,nx
                        read(10,*) cubmat(i,j,k)
                end  ...

前辈，现在multiwfn处理grd文件的AIM是不是
还不能支持PBC啊？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-06-16 12:38:50
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-06-16 12:38:50
前辈，现在multiwfn处理grd文件的AIM是不是
还不能支持PBC啊？
...

Multiwfn载入grd后可以做AIM盆分析（也包括寻找(3,-3)或(3,+3)临界点），但是不能做拓扑分析。
目前并没有尝试过对周期性体系的grd文件做盆分析，虽然可能能做
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4楼2014-06-16 14:27:22
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-16 14:27:22
Multiwfn载入grd后可以做AIM盆分析（也包括寻找(3,-3)或(3,+3)临界点），但是不能做拓扑分析。
目前并没有尝试过对周期性体系的grd文件做盆分析，虽然可能能做...

前辈，之前我试了一下grd做盆分析，非pbc倒是没啥问题，pbc盆积分得到的总电荷总数不太对。我先看看我自己有没有办法处理。

多谢前辈指导。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2014-06-16 15:01:14
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xiaoxiaodian

新虫 (初入文坛)
前辈你好！请问这些数据你是将grd文件用写字板打开才得到的吗？具体每行数字都代表了什么？怎样做电荷密度图？还请前辈赐教呢！感激不尽
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6楼2018-03-13 14:50:40
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卡开发发

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引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaoxiaodian at 2018-03-13 14:50:40
前辈你好！请问这些数据你是将grd文件用写字板打开才得到的吗？具体每行数字都代表了什么？怎样做电荷密度图？还请前辈赐教呢！感激不尽

这个在MS的help里面应该有，很具体的隔得时间有点久想不起来了。电荷密度程序直接可以画。电荷密度差需要把整个体系、不同片段用完全相同的计算参数（截断半径的值、k点，格子大小、网格密度等要完全一致）计算密度得到grd文件，这样前6行的内容几乎一样，需要对第6行的数据一一对应进行做差，并且存入新的文件，新的文件前6行也要与那些文件相同，后面的值就是前面的一一做差得到的。之后将这个命名成密度（或形变电荷密度）的grd文件替换原来的密度grd文件，做密度（或形变电荷密度）就能得到电荷密度差。数据做差可以通过origin，用其他语言编程做也行，都很简单。
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7楼2018-03-13 18:03:14
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xiaoxiaodian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2018-03-13 18:03:14
这个在MS的help里面应该有，很具体的隔得时间有点久想不起来了。电荷密度程序直接可以画。电荷密度差需要把整个体系、不同片段用完全相同的计算参数（截断半径的值、k点，格子大小、网格密度等要完全一致）计算密度 ...

前辈，请问做差后的差分密度数据为什么还要命名成密度（或形变电荷密度）的grd文件，不是直接把这些数据导入到ORIGIN作图就可以了出来图了吗？还是说我只有把做差后的差分密度数据命名成密度（或形变电荷密度）的grd文件（DMOL3仅识别密度和形变电荷的密度？），然后才能再MS界面中打开？前辈谢谢谢啦
还有一个问题麻烦前辈了，需要把GRD文件里的三围坐标数据导入ORigin里作电荷密度图吗？
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8楼2018-03-14 09:57:29
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卡开发发

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8楼: Originally posted by xiaoxiaodian at 2018-03-14 09:57:29
前辈，请问做差后的差分密度数据为什么还要命名成密度（或形变电荷密度）的grd文件，不是直接把这些数据导入到ORIGIN作图就可以了出来图了吗？还是说我只有把做差后的差分密度数据命名成密度（或形变电荷密度）的g ...

“还是说我只有把做差后的差分密度数据命名成密度（或形变电荷密度）的grd文件（DMOL3仅识别密度和形变电荷的密度？），然后才能再MS界面中打开？”就是这个意思。
导入Origin也好，自己写程序也罢，这里的目的是把三个文件的数据转化成数组并做差。至于Slice图你可以用MS直接做，没必要捣腾到Origin。
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9楼2018-03-14 18:53:05
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