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miranda2013

铁虫 (小有名气)

[求助] DNA熔点测试实验 已有3人参与

各位虫友:
看到药物与DNA相互作用的文献中有测DNA熔点的实验,
1、请问DNA熔点测试实验该怎么做,才能像文献中那样做的数据结果很漂亮(如下图)。我自己想到的方法是将DNA溶液一直加热,每隔一定温度取液测量紫外吸收。但是这样做出的结果很不好。
1、请问DNA熔点测试实验,是有专门的仪器测量吗?仪器叫什么名称?

DNA熔点测试实验
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hy519772062

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
miranda2013(kx444555代发): 金币+2, 鼓励交流 2014-06-12 12:59:51
miranda2013: 金币+5, 有帮助 2014-06-13 13:05:41
熔解曲线么,不是sybr green。荧光定量PCR仪就行
2楼2014-06-12 11:04:35
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sweet-grape

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
miranda2013: 金币+5, 有帮助 2014-06-13 13:06:00
miranda2013: 金币+5 2014-06-13 13:16:04
其实紫外可见分光光谱仪和圆二色光谱仪都可以测熔点的,仪器上连个温控的装置,缓慢升温,每隔1~2℃采集一次光谱就行。文献中也有用FRET的方法,不过这个就相对麻烦一下,要用两端连着荧光基团的DNA。
3楼2014-06-13 09:06:30
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miranda2013

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sweet-grape at 2014-06-13 09:06:30
其实紫外可见分光光谱仪和圆二色光谱仪都可以测熔点的,仪器上连个温控的装置,缓慢升温,每隔1~2℃采集一次光谱就行。文献中也有用FRET的方法,不过这个就相对麻烦一下,要用两端连着荧光基团的DNA。

非常感谢!有很大帮助!
再请问圆二色测熔点是设置哪些参数呢,测负椭圆率可以吗?我们用圆二色仪每次只测定了正负椭圆峰,其他的都还没尝试过。还请虫友多多帮助!
4楼2014-06-13 13:16:12
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胖墩儿Adolph

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
miranda2013: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-06-13 19:15:08
BIO-RAD CF96 这个机器上边就有melt curve 在设置protocol 的时候可以自己设置溶解温度。我做的荧光实时定量PCR,直接靠机器搞定的
我不爱上课,但很爱学习!
5楼2014-06-13 14:16:04
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sweet-grape

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-06-13 19:25:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by miranda2013 at 2014-06-13 13:16:12
非常感谢!有很大帮助!
再请问圆二色测熔点是设置哪些参数呢,测负椭圆率可以吗?我们用圆二色仪每次只测定了正负椭圆峰,其他的都还没尝试过。还请虫友多多帮助!...

用圆二色测的话应该只需设置起始波长范围和温度范围,还有要监测的DNA的特征峰,然后设好每隔几度采集一次光谱,最后就会出来一条溶解曲线,其实就是那个特征峰的强度随温度变化的曲线

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6楼2014-06-13 18:12:25
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miranda2013

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 胖墩儿Adolph at 2014-06-13 14:16:04
BIO-RAD CF96 这个机器上边就有melt curve 在设置protocol 的时候可以自己设置溶解温度。我做的荧光实时定量PCR,直接靠机器搞定的

非常感谢!
7楼2014-06-13 19:15:22
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miranda2013

铁虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by sweet-grape at 2014-06-13 18:12:25
用圆二色测的话应该只需设置起始波长范围和温度范围,还有要监测的DNA的特征峰,然后设好每隔几度采集一次光谱,最后就会出来一条溶解曲线,其实就是那个特征峰的强度随温度变化的曲线...

谢谢虫友不吝相助!
8楼2014-06-13 19:17:20
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Academician

金虫 (小有名气)

前辈好,我最近在做用紫外测定ctDNA的Tm实验,以测定小分子和DNA的相互作用方式及结合力强弱。但之前没有做过,只看了一些文献,这个实验是要升温的(50-98度),紫外有温度探头伸到比色皿内部,请问是不是要用特定的比色皿,这样的话才不会在加热升温过程中有溶剂挥发(我用的溶剂是10mMPBS的水溶液),我现在用的是安捷伦的Cary 3500紫外分光光度计,比色皿部件号是5062-2496),相关链接https://www.agilent.com/zh-cn/pr ... -uv-vis-nir-systems?请问这种比色皿是否可以直接用来测Tm,还是说要专用的比色皿,非常感谢
9楼2021-04-27 22:18:49
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Academician

金虫 (小有名气)

前辈好,我最近在做用紫外测定ctDNA的Tm实验,以测定小分子和DNA的相互作用方式及结合力强弱。但之前没有做过,只看了一些文献,这个实验是要升温的(50-98度),紫外有温度探头伸到比色皿内部,请问是不是要用特定的比色皿,这样的话才不会在加热升温过程中有溶剂挥发(我用的溶剂是10mMPBS的水溶液),我现在用的是安捷伦的Cary 3500紫外分光光度计,比色皿部件号是5062-2496),相关链接https://www.agilent.com/zh-cn/pr ... -uv-vis-nir-systems?请问这种比色皿是否可以直接用来测Tm,还是说要专用的比色皿,非常感谢
10楼2021-04-27 22:19:03
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