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aloon111

金虫 (正式写手)

[求助] 如何用熔点法测定G+C mol%含量?

如何用熔点法测定G+C mol%含量?所用的DNA是总DNA还是16s rDNA?
每一温度处理多少时间?用普通的紫外可见分光光度计没可以吗?
测OD值时,温度下降会不会造成DNA复性影响测量结果?
有没有具体的操作步骤?
谢谢。
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汇天下之贤
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duckula7708

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

Marmur, J. & Doty, P. (1962). Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature. J Mol Biol 5, 109-118.
一般可以用热变性发测定,也可以用HPLC测定,得自己好好看下书。
2楼2011-06-23 01:50:14
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aloon111

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by duckula7708 at 2011-06-23 01:50:14:
Marmur, J. & Doty, P. (1962). Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid from its thermal denaturation temperature. J Mol Biol 5, 109-118.
一般可以用热变性发测定,也可以用H ...

下不了这篇文献
汇天下之贤
3楼2011-06-23 09:05:23
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802311820

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

aloon111(金币+2): 谢谢了 2011-06-29 17:34:28
aloon111(金币+2): 2011-06-30 15:53:45
引用回帖:
Originally posted by aloon111 at 2011-06-22 16:35:28:
如何用熔点法测定G+C mol%含量?所用的DNA是总DNA还是16s rDNA?
每一温度处理多少时间?用普通的紫外可见分光光度计没可以吗?
测OD值时,温度下降会不会造成DNA复性影响测量结果?
有没有具体的操作步骤?
谢 ...

熔点法应该就是热变性温度测定法(Tm法)吧。
1. 所用DNA是基因组DNA,且无RNA污染,用紫外分光光度法测定纯度,天然DNA在260、230、280nm处的比值为:OD230:260:280=0.454:1:0.515,并结合琼脂糖凝胶电泳检测。DNA含量测定使用紫外分光光度法。
2.按照每分钟升温1℃的速度设置升温程序即可。
3.普通的紫外分光光度计没有加热系统测不了,现在有专门测G+Cmol%的仪器,比普通的紫外分光光度计多了加热系统和温度记录系统,可以设置升温程序。
4.测OD值时,温度下降,如果是在低温还没有开始解链的过程,是不会造成DNA复性的;如果已经开始解链,温度下降肯定会造成DNA复性,肯定会影响测量结果。
5.具体步骤(这《微生物学实验技术》上的,可行):
(1)DNA提取 参照地衣芽胞杆菌染色体DNA提取方法,提取普通变形杆菌和E.coli K-12的DNA,并分别用0.1×SSC溶液溶解并稀释,使测定用DNA的最终浓度为A260nm=0.15~0.30,纯度为A260:A280:A230≥1:0.515:0.450。
(2)将带测菌株普通变形杆菌DNA的参比菌株E.coli K-12的DNA分别装入两只石英比色杯中,塞好带有晶体管点温度计热敏电阻探头的塞子,另一带塞子的石英比色杯装入0.1×SSC作空白对照。
(3)比色杯放入分光光度计的带有加热装置的比色架内,固定波长在260nm。
(4)迅速将比色杯内的温度上升到50℃左右,取出比色杯检查有无气泡,如有气泡用手指轻弹除去。
(5)设置测定程序 按照每分钟升温1℃的速度设置升温程序,具体的设置方法按仪器使用说明进行。
(6)测定终点判断 从50℃开始继续加热,同时记录变性曲线,当温度增加到A260吸收不再增加时即为测定终点。
(7)GC含量计算
在0.1×SSC溶液中,G+C mol%的计算公式为:
G+C mol%=51.2+2.08×(Tm(X)- Tm(R))
其中Tm(X)为待测菌Tm值,Tm(R)为E.coli K-12的的Tm值
4楼2011-06-23 11:08:17
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