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mochenmi

铜虫 (小有名气)

[求助] 蛋白预测问题 已有2人参与

通过转录组测序得到了一些表达量有变化的基因序列，想对它们做一个蛋白结构预测。  我是直接把整个序列拿去预测还是先预测一下它的ORF，然后拿ORF去预测蛋白结构呢？  
另外求常用的预测蛋白结构的软件或者网站。
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1楼 2014-06-06 10:52:34
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mochenmi(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-06-06 19:17:58
http://swissmodel.expasy.org/
这个是最经典的
但是你要先翻译成氨基酸序列
赞一下 回复此楼
人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
2楼2014-06-06 13:44:27
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xiaoshanzha

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
mochenmi(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-09-24 09:16:12
照我自己的经验 先预测ORF 拿到氨基酸序列 然后再去预测蛋白
我一般喜欢用在线的网站 很方便的
常用的网站
二级机构：
http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/
http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
三级结构：
http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/
结构域预测：
http://smart.embl-heidelberg.de
http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan5/
综合常用的一些
http://www.cbs.dtu.dk/services/
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
http://jmol.sourceforge.net
希望能够帮助到你
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DreamBig,LiveSimple!
3楼2014-09-24 08:31:41
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