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cinderella3866

新虫 (初入文坛)

[求助] 急求：蛋白质信息查询相关问题

看文献上说利用NCBI和ExPASy可以查到已知蛋白的亚细胞定位和功能分类，请问有谁知道具体方法么？
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1楼 2011-05-11 21:06:14
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小虫子666

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
silicare(金币+3, EPI+1): 2011-05-12 11:59:01
引用回帖:
Originally posted by cinderella3866 at 2011-05-11 21:06:14:
看文献上说利用NCBI和ExPASy可以查到已知蛋白的亚细胞定位和功能分类，请问有谁知道具体方法么？

NCBI 上 这里可以差功能域  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
http://www.predictprotein.org/ 这个可以预测亚细胞定位
ExPASy网站是专门的蛋白分析网站 自己看看网站的说明书 说的更详细点，能找到自己需要的东西
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2楼2011-05-12 09:58:59
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雪山飞狐7233

铁杆木虫 (著名写手)

铁杆小虫
引用回帖:
Originally posted by 小虫子666 at 2011-05-12 09:58:59:
NCBI 上 这里可以差功能域  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
http://www.predictprotein.org/ 这个可以预测亚细胞定位
ExPASy网站是专门的蛋白分析网站 自己看看 ...

好的，我也学习了。
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梦在路就在！
3楼2011-05-12 14:46:15
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hongjie88

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 小虫子666 at 2011-05-12 09:58:59:
NCBI 上 这里可以差功能域  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml
http://www.predictprotein.org/ 这个可以预测亚细胞定位
ExPASy网站是专门的蛋白分析网站 自己看看 ...

你好强啊，请教一个问题吧：已知某蛋白，是一转录因子，想要找出可能与它结合的DNA序列，请问有什么软件或者什么网站可以在线分析？可否帮忙？
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4楼2011-05-12 16:08:52
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小虫子666

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

cinderella3866(金币+15): 谢谢，能讲得再详细些么？那个测亚细胞分类的，我在pubmed上查到蛋白的氨基酸序列，然后输入一条序列就能预测亚细胞分类是么？我试了下，要等很久啊……我一共12个蛋白要预测 2011-05-13 11:00:41
引用回帖:
Originally posted by hongjie88 at 2011-05-12 16:08:52:
你好强啊，请教一个问题吧：已知某蛋白，是一转录因子，想要找出可能与它结合的DNA序列，请问有什么软件或者什么网站可以在线分析？可否帮忙？

这个还真不知道， 没做过转录因子的， 只大概了解用酵母双或单杂交来验证转录因子的DNA 结合区和 转录激活区。
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5楼2011-05-12 17:10:51
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小虫子666

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
Originally posted by 小虫子666 at 2011-05-12 17:10:51:
这个还真不知道， 没做过转录因子的， 只大概了解用酵母双或单杂交来验证转录因子的DNA 结合区和 转录激活区。

那试试这2个吧 http://psort.hgc.jp/form.html
http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/
都是根据信号肽预测的蛋白的亚细胞位置
2网站预测的差不多
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6楼2011-05-13 16:39:14
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