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mochenmi铜虫 (小有名气)
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[求助]
蛋白预测问题 已有2人参与
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通过转录组测序得到了一些表达量有变化的基因序列，想对它们做一个蛋白结构预测。 我是直接把整个序列拿去预测还是先预测一下它的ORF，然后拿ORF去预测蛋白结构呢？ 另外求常用的预测蛋白结构的软件或者网站。  |
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mochenmi(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-06-06 19:17:58
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http://swissmodel.expasy.org/ 这个是最经典的 但是你要先翻译成氨基酸序列 |
2楼2014-06-06 13:44:27
【答案】应助回帖
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mochenmi(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-09-24 09:16:12
mochenmi(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-09-24 09:16:12
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照我自己的经验 先预测ORF 拿到氨基酸序列 然后再去预测蛋白 我一般喜欢用在线的网站 很方便的 常用的网站 二级机构： http://www.biogem.org/tool/chou-fasman/ http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/ http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ 三级结构： http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ 结构域预测： http://smart.embl-heidelberg.de http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan5/ 综合常用的一些 http://www.cbs.dtu.dk/services/ http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do http://jmol.sourceforge.net 希望能够帮助到你 |
3楼2014-09-24 08:31:41
