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paopaotu326

金虫 (正式写手)

[求助] 差分电荷密度图的疑惑已有6人参与

大家好:
     我是新手,刚学着做差分电荷密度,作出来的图如下所示:
    我做的是掺杂体系,要看掺杂前后的电荷密度变化,我是分别计算出三个CHGCAR后直接在VESTA中相减的到的图片,不知道这个怎么分析啊?只知道红色区域表示电荷密度增大,蓝色减少,形成的键就不知道了,没学过量字化学啊,求高手帮忙下;
    第二个问题就大了,同样的三个CHGCCAR文件,在linix系统中用脚本CHGdiff.pl来依次相减,就是ABC-A,得到一个结果,再用它-C=chgdiff,放在vesta中显示,才好玩,和直接在vesta里相减得出的图完全不一样,如第二张图,这是怎么回事?
    我的体系是在SnO2中用Pd原子取代Sn原子形成的。

差分电荷密度图的疑惑
CHGCAR_vesta.jpg


差分电荷密度图的疑惑-1
CHGCAR.jpg
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clown9111014

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaotu326: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢啦:) 2014-06-20 07:44:18
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-24 11:39:31
引用回帖:
28楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-16 11:57:15
回楼上:
      我的体系是O的2p电子和Pd的4d电子的杂化,这个比较明确,至于Sn-O之间的杂化已经很清楚,不用再多分析,就是这个Pd-O之间的杂化比较复杂,有的文献报道是有PI键,也有西格玛键,不是太明白,就照着 ...

有文献报道过你就好好看下文献吧,已经发表的文献可信度还是比较高的。下面是σ键的介绍,你可以看一看。

σ键是共价键的一种。它具有如下特点:
  1. σ键有方向性,两个成键原子必须沿着对称轴方向接近,才能达到最大重叠。
  2. 成键电子云沿键轴对称分布,两端的原子可以沿轴自由旋转而不改变电子云密度的分布。
  3. σ键是头碰头的重叠,与其它键相比,重叠程度大,键能大,因此,化学性质稳定。
  共价单键是σ键,共价双键有一个σ键,π键,共价三键由一个σ键,两个π键组成。

成键原子的未杂化p轨道,通过平行、侧面重叠而形成的共价键,叫做π键。
  1.π键是由两个p轨道从侧面重叠而形成的,重叠程度比σ键小,所以π键不如σ键稳定。当形成π键的两个原子以核间轴为轴作相对旋转时,会减少p轨道的重叠程度,最后导致π键的断裂。
  2.根据分子轨道理论,两个原子的p轨道线性组合能形成两个分子轨道。能量低于原来原子轨道的成键轨道π和能量高于原来原子轨道的反键轨道π,相应的键分别叫π键和π*键。分子在基态时,两个p电子(π电子)处于成键轨道中,而让反键轨道空着。
  3.π键有两块电子云组成,分别位于有两原子核构成的平面两侧,如以它们间所包含原子核的平面称为镜像,他们互为镜像,这种特征称为镜像对称。
努力学习 必有所获
29楼2014-06-17 16:47:59
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clown9111014

银虫 (小有名气)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:10:33
引用回帖:
20楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-03 08:07:11
是我的问题太幼稚了吗?怎么大家都不说话呢,哎,刚开始接触这个啊,我已经把论坛里相关的帖子几乎看完了,没人提到这一块,难道真是我太幼稚啦,嘿嘿:)

电荷的转移在差分用不同颜色表示,可以清楚看到怎么转移的,在两个原子间累计就是共价键,转移就是离子键,但是一般都是两种键都有部分,你还可以做个布居分析,看看电子是怎么转移
努力学习 必有所获
21楼2014-06-04 16:25:40
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

是我的问题太幼稚了吗?怎么大家都不说话呢,哎,刚开始接触这个啊,我已经把论坛里相关的帖子几乎看完了,没人提到这一块,难道真是我太幼稚啦,嘿嘿:)
20楼2014-06-03 08:07:11
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clown9111014

银虫 (小有名气)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:11:45
引用回帖:
22楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-05 16:10:06
谢谢楼上,我已经做了布居数分析,得出结论,Pd-O间的确以共价键为主,而Sn-O则以离子键为主。现在的问题是这个共价键是什么类型?σ键?π键?在哪个部位?哪些原子之间形成?我自己有了判断,但不确定对不对啊,哈 ...

对于σ键和π键我也纠结过,想给一个定性分析,但是我感觉不是太容易界定。首先你要看两个原子是怎么成键的,如果两个原子的s和p轨道都参与杂化,那么电子云的形状不好分析,无法判定。我感觉要是比较间的强弱可以比较电荷的累计在原子间,或者用差分电荷比较。我也是自己理解,仅供参考。
努力学习 必有所获
27楼2014-06-09 20:17:55
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普通回帖

paopaotu326

金虫 (正式写手)

补充下第一张图的标尺,最上面是:0.1,最下面是-0。25
2楼2014-05-23 08:56:54
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

第三个疑惑,如果想把所获得的CHGCAR文件放在lev00里面处理,最后放在origin中作图,有个很大的问题,就是用lev00程序的时候,一开始就需要输入:outcar文件和contcar文件,之后才输入chgcar文件,那么最后输入的chgcar文件就用三个CHGCAR相减得到的差,可是前面地 outcar 和contcar该输入哪个?是ABC的,还是B的,或者C的? 我的理解是计算的时候三个东东的空间格子都建立的是一样的,NGX、NGY和NGZ也一样,那么是不是输入ABC的outcar和contcar就行了?
3楼2014-05-23 09:01:55
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

求帮忙啦,不然难毕业啦,吼吼              
4楼2014-05-23 09:02:46
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

我的理解是Pd原子周围的4个O原子都与Pd原子形成了σ键,电荷分布发生了偏移。附上一张等高线图:
http://pan.baidu.com/s/1c0pctTA
5楼2014-05-23 11:04:58
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

都没人帮忙啊,呜呜呜
6楼2014-05-25 08:41:48
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

我想我是做错啦,哈哈,找到问题所在了,计算SnO2的时候没有扣掉掺杂位置的Sn原子的坐标啊,吼吼,又有收获,开心中……
7楼2014-05-25 16:54:38
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zhangxinfr

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaotu326: 金币+5, 有帮助, 麻烦您继续给我解答啊,谢谢啦:) 2014-05-26 11:02:14
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:10:43
没有理你是因为你提的问题太模糊了,你都不说那个图是哪个位置哪个原子的,也不具体说图是哪三个CHGCAR减出来的,ABC各代表啥,怎么给你分析
8楼2014-05-26 09:29:24
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

楼上好,首先谢谢您,我的图可能有错了,我得重新算过。但我在5楼的链接里面,很清楚的画出来了原子和标尺呢,荷花
9楼2014-05-26 10:58:43
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

另外,我现在的问题是,如果算出ABC的三个电荷密度,用脚本处理后 ,得到CHGCAR_diff后,怎么用origin作图?
     我的理解是还要用lev00程序处理一下,然后就能用origin作图了,可是问题来了:用lev00处理时,需要输入:OUTCAR CONTCAR文件,那到底输入哪个?掺杂后总的,还是B或者C的自洽运算后的?
     这就是难题了
10楼2014-05-26 11:01:28
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