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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 差分电荷密度图的疑惑
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clown9111014

银虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:10:33
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20楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-03 08:07:11
是我的问题太幼稚了吗？怎么大家都不说话呢，哎，刚开始接触这个啊，我已经把论坛里相关的帖子几乎看完了，没人提到这一块，难道真是我太幼稚啦，嘿嘿：）

电荷的转移在差分用不同颜色表示，可以清楚看到怎么转移的，在两个原子间累计就是共价键，转移就是离子键，但是一般都是两种键都有部分，你还可以做个布居分析，看看电子是怎么转移
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努力学习 必有所获
21楼2014-06-04 16:25:40
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
谢谢楼上，我已经做了布居数分析，得出结论，Pd-O间的确以共价键为主，而Sn-O则以离子键为主。现在的问题是这个共价键是什么类型？σ键？π键？在哪个部位？哪些原子之间形成？我自己有了判断，但不确定对不对啊，哈哈。
     另外，我想给你金币，怎么给呢？
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22楼2014-06-05 16:10:06
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ZHC_Y

金虫 (小有名气)

Dr.
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:11:14
引用回帖:
10楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-05-26 11:01:28
另外，我现在的问题是，如果算出ABC的三个电荷密度，用脚本处理后 ，得到CHGCAR_diff后，怎么用origin作图？
     我的理解是还要用lev00程序处理一下，然后就能用origin作图了，可是问题来了：用lev00处理时，需要 ...

用lev00处理时，我想要输入的是掺杂后总的OUTCAR和CONTCAR。我也不是十分确定，这两天也在看这个问题。你可以都试一遍，然后比较差别。
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paopaotu326
23楼2014-06-07 10:56:01
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
23楼: Originally posted by ZHC_Y at 2014-06-07 10:56:01
用lev00处理时，我想要输入的是掺杂后总的OUTCAR和CONTCAR。我也不是十分确定，这两天也在看这个问题。你可以都试一遍，然后比较差别。...

嗯嗯，谢谢楼上，我再试试看。对了，您有没有用vesta做差分？奇怪的是，我用vesta做的差分图比较合理，但用chgdiff脚本去做两次减法后，得到的图却很奇怪啊，嘿嘿：）我在想是不是做错了？我是用掺杂后总的chgcar分别减掉两个组元B和C的CHGCAR，不过用脚本减的时候，只能一次减一个，所以是：CHGCAR总-CHGCAR_B，得到一个结果，然后再用这个结果减掉CHGCAR_C，不知道您是不是我这样做法？谢谢啦。
     另外，金币不知道怎么给你，送红花一朵吧：）
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24楼2014-06-09 08:27:06
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ZHC_Y

金虫 (小有名气)

Dr.
★ ★
franch: 金币+2, 鼓励交流。。。 2014-06-10 09:11:29
引用回帖:
24楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-09 08:27:06
嗯嗯，谢谢楼上，我再试试看。对了，您有没有用vesta做差分？奇怪的是，我用vesta做的差分图比较合理，但用chgdiff脚本去做两次减法后，得到的图却很奇怪啊，嘿嘿：）我在想是不是做错了？我是用掺杂后总的chgcar分 ...

我也用过chgdiff做过差分，得到的结果也很不理想，就是整个图看上去和vesta的差不多，但是图中有些锯齿，很不漂亮。用chgdiff脚本去差分的话，我也是按照你的步骤做的。不过，我也用过lev00去做过差分，得到的图就很好了，和vesta基本一样，你可以试试看。我也想问你一个问题，就是我用vesta去差分之后得到的结果，再去切片，但是始终得不到很好的结果。你能告诉我一下，你用的vesta版本和你去切片的方法吗？谢谢了！
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25楼2014-06-09 10:07:31
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
我用的vesta是3.0.1的，需要的话给我留言，发一份给你。切片的话就是常规的，就是要注意一点，在操作的时候，饱和度的上下值都是可以调的，一直调到你满意的结果为止。
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26楼2014-06-09 11:05:00
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clown9111014

银虫 (小有名气)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:11:45
引用回帖:
22楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-05 16:10:06
谢谢楼上，我已经做了布居数分析，得出结论，Pd-O间的确以共价键为主，而Sn-O则以离子键为主。现在的问题是这个共价键是什么类型？σ键？π键？在哪个部位？哪些原子之间形成？我自己有了判断，但不确定对不对啊，哈 ...

对于σ键和π键我也纠结过，想给一个定性分析，但是我感觉不是太容易界定。首先你要看两个原子是怎么成键的，如果两个原子的s和p轨道都参与杂化，那么电子云的形状不好分析，无法判定。我感觉要是比较间的强弱可以比较电荷的累计在原子间，或者用差分电荷比较。我也是自己理解，仅供参考。
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努力学习 必有所获
27楼2014-06-09 20:17:55
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
回楼上：
      我的体系是O的2p电子和Pd的4d电子的杂化，这个比较明确，至于Sn-O之间的杂化已经很清楚，不用再多分析，就是这个Pd-O之间的杂化比较复杂，有的文献报道是有PI键，也有西格玛键，不是太明白，就照着分析吧，呵呵：）没有学过固体化学、分子轨道的知识啊，打算一遍学习一边分析了，能学习到什么程度就到什么程度，尽力而为罢了
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28楼2014-06-16 11:57:15
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clown9111014

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
paopaotu326: 金币+8, ★★★很有帮助, 谢谢啦：） 2014-06-20 07:44:18
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-24 11:39:31
引用回帖:
28楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-16 11:57:15
回楼上：
      我的体系是O的2p电子和Pd的4d电子的杂化，这个比较明确，至于Sn-O之间的杂化已经很清楚，不用再多分析，就是这个Pd-O之间的杂化比较复杂，有的文献报道是有PI键，也有西格玛键，不是太明白，就照着 ...

有文献报道过你就好好看下文献吧，已经发表的文献可信度还是比较高的。下面是σ键的介绍，你可以看一看。

σ键是共价键的一种。它具有如下特点：
  1. σ键有方向性，两个成键原子必须沿着对称轴方向接近，才能达到最大重叠。
  2. 成键电子云沿键轴对称分布，两端的原子可以沿轴自由旋转而不改变电子云密度的分布。
  3. σ键是头碰头的重叠，与其它键相比，重叠程度大，键能大，因此，化学性质稳定。
  共价单键是σ键，共价双键有一个σ键，π键，共价三键由一个σ键，两个π键组成。

成键原子的未杂化p轨道，通过平行、侧面重叠而形成的共价键，叫做π键。
  1.π键是由两个p轨道从侧面重叠而形成的，重叠程度比σ键小，所以π键不如σ键稳定。当形成π键的两个原子以核间轴为轴作相对旋转时，会减少p轨道的重叠程度，最后导致π键的断裂。
  2.根据分子轨道理论，两个原子的p轨道线性组合能形成两个分子轨道。能量低于原来原子轨道的成键轨道π和能量高于原来原子轨道的反键轨道π，相应的键分别叫π键和π*键。分子在基态时，两个p电子（π电子）处于成键轨道中，而让反键轨道空着。
  3.π键有两块电子云组成，分别位于有两原子核构成的平面两侧，如以它们间所包含原子核的平面称为镜像，他们互为镜像，这种特征称为镜像对称。
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努力学习 必有所获
29楼2014-06-17 16:47:59
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paopaotu326

金虫 (正式写手)
继续学习中……
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30楼2014-06-20 07:46:03
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