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汕头大学海洋科学接受调剂
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

[求助] 差分电荷密度图的疑惑 已有6人参与

大家好:
     我是新手,刚学着做差分电荷密度,作出来的图如下所示:
    我做的是掺杂体系,要看掺杂前后的电荷密度变化,我是分别计算出三个CHGCAR后直接在VESTA中相减的到的图片,不知道这个怎么分析啊?只知道红色区域表示电荷密度增大,蓝色减少,形成的键就不知道了,没学过量字化学啊,求高手帮忙下;
    第二个问题就大了,同样的三个CHGCCAR文件,在linix系统中用脚本CHGdiff.pl来依次相减,就是ABC-A,得到一个结果,再用它-C=chgdiff,放在vesta中显示,才好玩,和直接在vesta里相减得出的图完全不一样,如第二张图,这是怎么回事?
    我的体系是在SnO2中用Pd原子取代Sn原子形成的。

差分电荷密度图的疑惑
CHGCAR_vesta.jpg


差分电荷密度图的疑惑-1
CHGCAR.jpg
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clown9111014

银虫 (小有名气)

★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-06-10 09:11:45
引用回帖:
22楼: Originally posted by paopaotu326 at 2014-06-05 16:10:06
谢谢楼上,我已经做了布居数分析,得出结论,Pd-O间的确以共价键为主,而Sn-O则以离子键为主。现在的问题是这个共价键是什么类型?σ键?π键?在哪个部位?哪些原子之间形成?我自己有了判断,但不确定对不对啊,哈 ...

对于σ键和π键我也纠结过,想给一个定性分析,但是我感觉不是太容易界定。首先你要看两个原子是怎么成键的,如果两个原子的s和p轨道都参与杂化,那么电子云的形状不好分析,无法判定。我感觉要是比较间的强弱可以比较电荷的累计在原子间,或者用差分电荷比较。我也是自己理解,仅供参考。
努力学习 必有所获
27楼2014-06-09 20:17:55
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

补充下第一张图的标尺,最上面是:0.1,最下面是-0。25
2楼2014-05-23 08:56:54
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

第三个疑惑,如果想把所获得的CHGCAR文件放在lev00里面处理,最后放在origin中作图,有个很大的问题,就是用lev00程序的时候,一开始就需要输入:outcar文件和contcar文件,之后才输入chgcar文件,那么最后输入的chgcar文件就用三个CHGCAR相减得到的差,可是前面地 outcar 和contcar该输入哪个?是ABC的,还是B的,或者C的? 我的理解是计算的时候三个东东的空间格子都建立的是一样的,NGX、NGY和NGZ也一样,那么是不是输入ABC的outcar和contcar就行了?
3楼2014-05-23 09:01:55
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paopaotu326

金虫 (正式写手)

求帮忙啦,不然难毕业啦,吼吼              
4楼2014-05-23 09:02:46
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