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chenxiang29

银虫 (正式写手)

[求助] 如何判定蛋白保守区域？ 已有1人参与

我获得了一条新基因，翻译成蛋白后，通过blast比对发现，有一条序列与之一致性为69%，都是血红蛋白家族，那请问如何判定保守区域呢？我已经用clustal x和DNAman分析一致性较高的5种蛋白，有部分序列是相同的，那怎么确定是保守区域呢？
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smile to the world
1楼 2014-05-20 21:31:09
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-20 23:26:26
1.一般你做多序列比对后，相同的序列很可能就是保守区。
2.可以用EMBL的SMART或InterProScan（http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/）或ExPASy的PROSITE（http://prosite.expasy.org/）等在线工具分析蛋白序列的结构域及功能位点，结构域及功能位点一般为保守区。
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2楼2014-05-20 22:12:10
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chenxiang29

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-20 22:12:10
1.一般你做多序列比对后，相同的序列很可能就是保守区。
2.可以用EMBL的SMART或InterProScan（http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/）或ExPASy的PROSITE（http://prosite.expasy.org/）等在线工具分析蛋白序列 ...

非常感谢
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smile to the world
3楼2014-05-21 16:01:18
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