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chenxiang29

银虫 (正式写手)

[求助] 如何判定蛋白保守区域? 已有1人参与

我获得了一条新基因,翻译成蛋白后,通过blast比对发现,有一条序列与之一致性为69%,都是血红蛋白家族,那请问如何判定保守区域呢?我已经用clustal x和DNAman分析一致性较高的5种蛋白,有部分序列是相同的,那怎么确定是保守区域呢?
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-20 23:26:26
1.一般你做多序列比对后,相同的序列很可能就是保守区。
2.可以用EMBL的SMART或InterProScan(http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/)或ExPASy的PROSITE(http://prosite.expasy.org/)等在线工具分析蛋白序列的结构域及功能位点,结构域及功能位点一般为保守区。
2楼2014-05-20 22:12:10
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chenxiang29

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-20 22:12:10
1.一般你做多序列比对后,相同的序列很可能就是保守区。
2.可以用EMBL的SMART或InterProScan(http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/)或ExPASy的PROSITE(http://prosite.expasy.org/)等在线工具分析蛋白序列 ...

非常感谢
smile to the world
3楼2014-05-21 16:01:18
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