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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS Dmol3模块进行COSMO计算问题~
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)

[求助] MS Dmol3模块进行COSMO计算问题~

我按照附件中的方法一步一步的算propane的σ-profile但是算出来总是只有一个峰，实际上是有两个峰的（用MS7.0最后他会自动给出σ-profile的图，可以不用他的程序计算）
算其他分子也有一样的问题，不知道什么原因，有大神帮忙解答一下么~~
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  • 附件 1 : VT-2005_Sigma_Profile_Generation_Procedure.pdf
    • 2014-05-13 18:24:17, 1.81 M

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1楼 2014-05-13 18:24:27
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jiehuimin

金虫 (小有名气)
我也碰到这个问题，有没人给解答下，还有7.0里的σ-profile图是基于哪个方法算的。
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不以物喜，不以己悲。
2楼2014-07-12 13:17:26
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiehuimin at 2014-07-12 13:17:26
我也碰到这个问题，有没人给解答下，还有7.0里的σ-profile图是基于哪个方法算的。

你可以看我另外一个帖子，是单位的问题~
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3楼2014-07-12 19:05:41
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sfycong

新虫 (初入文坛)
楼主，你用ms7.0中的Cosmo是怎么算的？有没有修改input文件，如果不修改的话，MS自动会给出sigma--profile，我算H2O的sigma--profile是，溶剂选的还是水，也没有修改input文件，这样算出来的结果和文献给出的水的sigma--profile有很大的差距啊！望楼主指点迷津，另外楼主有没有MS7.0版本的关于Cosmo计算溶剂化效应的详细教程呢？
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4楼2014-10-14 16:26:47
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-14 16:26:47
楼主，你用ms7.0中的Cosmo是怎么算的？有没有修改input文件，如果不修改的话，MS自动会给出sigma--profile，我算H2O的sigma--profile是，溶剂选的还是水，也没有修改input文件，这样算出来的结果和文献给出的水的si ...

你结合我附件中的教程加上  “基于COSMO-SAC模型和分子模拟预测复杂系统热力学性质” 这篇博士学位论文里面P14-P15的input命令，然后注意一下MS中不同版本A.U和A单位的转换就行了。
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5楼2014-10-15 08:16:36
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-10-15 08:16:36
你结合我附件中的教程加上  “基于COSMO-SAC模型和分子模拟预测复杂系统热力学性质” 这篇博士学位论文里面P14-P15的input命令，然后注意一下MS中不同版本A.U和A单位的转换就行了。...

好的，谢谢楼主。
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6楼2014-10-15 10:14:42
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-10-15 08:16:36
你结合我附件中的教程加上  “基于COSMO-SAC模型和分子模拟预测复杂系统热力学性质” 这篇博士学位论文里面P14-P15的input命令，然后注意一下MS中不同版本A.U和A单位的转换就行了。...

楼主，我按照你给的建议输入PPT和那篇博士论文的input参数，发现几个问题：
1、我现在用的是MS7.0，它里面用到的关键词和PPT上的不同了，结果是MS输出的sigma-profile和PPT上的有很大不同，峰值很高。
2、PPT上做丙烷的sigma-profile在输入原子半径参数的那一项怎么会输入那么多参数？原子半径的参数输入有什么规律吗？
望楼主指点迷津。
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7楼2014-10-27 10:18:40
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-27 10:18:40
楼主，我按照你给的建议输入PPT和那篇博士论文的input参数，发现几个问题：
1、我现在用的是MS7.0，它里面用到的关键词和PPT上的不同了，结果是MS输出的sigma-profile和PPT上的有很大不同，峰值很高。
2、PPT上做 ...

1.肯定是不一样的，MS的sigma-profile我不知道是怎么得到的，但是PPT上的sigma-profile是通过读取MS计算的COSMO文件进行平均化得到的。
2.你输入的参数其实只要包含你组成你计算的分子的原子的种类就行了，输入很多的种类是为了方便，不用每次都根据情况改变了。半径所对应的原子可以在博士论文上找到。
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8楼2014-10-27 19:28:15
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-10-27 19:28:15
1.肯定是不一样的，MS的sigma-profile我不知道是怎么得到的，但是PPT上的sigma-profile是通过读取MS计算的COSMO文件进行平均化得到的。
2.你输入的参数其实只要包含你组成你计算的分子的原子的种类就行了，输入很 ...

楼主，“原子半径参数只要输入原子种类参数就可以”这是不是说，如果我要计算水分子的的sigma——profile，就只需输入一个氧原子和一个氢原子的的半径即可，还是要按照car文件中原子的顺序一个一个的全部输入，就像按O\H\H,分别输入：
1  1.72000
2  1.30000
3  1.30000
？
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9楼2014-10-28 09:16:13
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-28 09:16:13
楼主，“原子半径参数只要输入原子种类参数就可以”这是不是说，如果我要计算水分子的的sigma——profile，就只需输入一个氧原子和一个氢原子的的半径即可，还是要按照car文件中原子的顺序一个一个的全部输入，就像 ...

注意半径前面的序号要和原子对应，比如H是1，氧是8，具体顺序参考博士论文。
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10楼2014-10-28 09:37:36
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