应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS Dmol3模块进行COSMO计算问题~
161/2返回列表12下一页
查看: 3658  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pdl9527

专家顾问 (小有名气)

[求助] MS Dmol3模块进行COSMO计算问题~

我按照附件中的方法一步一步的算propane的σ-profile但是算出来总是只有一个峰，实际上是有两个峰的（用MS7.0最后他会自动给出σ-profile的图，可以不用他的程序计算）
算其他分子也有一样的问题，不知道什么原因，有大神帮忙解答一下么~~
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : VT-2005_Sigma_Profile_Generation_Procedure.pdf
    • 2014-05-13 18:24:17, 1.81 M

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

enmaster

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-05-13 18:24:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jiehuimin

金虫 (小有名气)
我也碰到这个问题，有没人给解答下，还有7.0里的σ-profile图是基于哪个方法算的。
赞一下(1人) 回复此楼
不以物喜，不以己悲。
2楼2014-07-12 13:17:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiehuimin at 2014-07-12 13:17:26
我也碰到这个问题，有没人给解答下，还有7.0里的σ-profile图是基于哪个方法算的。

你可以看我另外一个帖子，是单位的问题~
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-12 19:05:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sfycong

新虫 (初入文坛)
楼主，你用ms7.0中的Cosmo是怎么算的？有没有修改input文件，如果不修改的话，MS自动会给出sigma--profile，我算H2O的sigma--profile是，溶剂选的还是水，也没有修改input文件，这样算出来的结果和文献给出的水的sigma--profile有很大的差距啊！望楼主指点迷津，另外楼主有没有MS7.0版本的关于Cosmo计算溶剂化效应的详细教程呢？
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-14 16:26:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-14 16:26:47
楼主，你用ms7.0中的Cosmo是怎么算的？有没有修改input文件，如果不修改的话，MS自动会给出sigma--profile，我算H2O的sigma--profile是，溶剂选的还是水，也没有修改input文件，这样算出来的结果和文献给出的水的si ...

你结合我附件中的教程加上  “基于COSMO-SAC模型和分子模拟预测复杂系统热力学性质” 这篇博士学位论文里面P14-P15的input命令，然后注意一下MS中不同版本A.U和A单位的转换就行了。
赞一下 回复此楼
5楼2014-10-15 08:16:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-10-15 08:16:36
你结合我附件中的教程加上  “基于COSMO-SAC模型和分子模拟预测复杂系统热力学性质” 这篇博士学位论文里面P14-P15的input命令，然后注意一下MS中不同版本A.U和A单位的转换就行了。...

好的，谢谢楼主。
回复此楼
6楼2014-10-15 10:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-10-15 08:16:36
你结合我附件中的教程加上  “基于COSMO-SAC模型和分子模拟预测复杂系统热力学性质” 这篇博士学位论文里面P14-P15的input命令，然后注意一下MS中不同版本A.U和A单位的转换就行了。...

楼主，我按照你给的建议输入PPT和那篇博士论文的input参数，发现几个问题：
1、我现在用的是MS7.0，它里面用到的关键词和PPT上的不同了，结果是MS输出的sigma-profile和PPT上的有很大不同，峰值很高。
2、PPT上做丙烷的sigma-profile在输入原子半径参数的那一项怎么会输入那么多参数？原子半径的参数输入有什么规律吗？
望楼主指点迷津。
赞一下 回复此楼
7楼2014-10-27 10:18:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-27 10:18:40
楼主，我按照你给的建议输入PPT和那篇博士论文的input参数，发现几个问题：
1、我现在用的是MS7.0，它里面用到的关键词和PPT上的不同了，结果是MS输出的sigma-profile和PPT上的有很大不同，峰值很高。
2、PPT上做 ...

1.肯定是不一样的，MS的sigma-profile我不知道是怎么得到的，但是PPT上的sigma-profile是通过读取MS计算的COSMO文件进行平均化得到的。
2.你输入的参数其实只要包含你组成你计算的分子的原子的种类就行了，输入很多的种类是为了方便，不用每次都根据情况改变了。半径所对应的原子可以在博士论文上找到。
赞一下 回复此楼
8楼2014-10-27 19:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-10-27 19:28:15
1.肯定是不一样的，MS的sigma-profile我不知道是怎么得到的，但是PPT上的sigma-profile是通过读取MS计算的COSMO文件进行平均化得到的。
2.你输入的参数其实只要包含你组成你计算的分子的原子的种类就行了，输入很 ...

楼主，“原子半径参数只要输入原子种类参数就可以”这是不是说，如果我要计算水分子的的sigma——profile，就只需输入一个氧原子和一个氢原子的的半径即可，还是要按照car文件中原子的顺序一个一个的全部输入，就像按O\H\H,分别输入：
1  1.72000
2  1.30000
3  1.30000
？
赞一下 回复此楼
9楼2014-10-28 09:16:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-28 09:16:13
楼主，“原子半径参数只要输入原子种类参数就可以”这是不是说，如果我要计算水分子的的sigma——profile，就只需输入一个氧原子和一个氢原子的的半径即可，还是要按照car文件中原子的顺序一个一个的全部输入，就像 ...

注意半径前面的序号要和原子对应，比如H是1，氧是8，具体顺序参考博士论文。
赞一下 回复此楼
10楼2014-10-28 09:37:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pdl9527 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 13:09 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 3/150 2026-09-06 12:49 by eObJPa4gWmp6
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 j5mmowWXNWxv 2026-09-05 4/200 2026-09-06 12:29 by eObJPa4gWmp6
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:40 by eObJPa4gWmp6
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 7/350 2026-09-06 11:20 by eObJPa4gWmp6
[基金申请] 科研人应该花精力去思考如何解决问题，而不是去凝练问题 +10 瞬息宇宙 2026-09-01 19/950 2026-09-06 11:15 by jiangxuan2004
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 8/400 2026-09-06 11:09 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-04 7/350 2026-09-06 11:00 by eObJPa4gWmp6
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 4/200 2026-09-06 07:20 by E1iiBLMU2XnD
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 7ZYIEW2YWn72 2026-09-04 9/450 2026-09-06 06:00 by E1iiBLMU2XnD
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8 CRJ0Aq2FtVH0 2026-09-03 15/750 2026-09-06 05:48 by E1iiBLMU2XnD
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 jPDp0sc2B7zQ 2026-09-05 5/250 2026-09-06 02:39 by E1iiBLMU2XnD
[基金申请] 面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数 +12 jackleilei 2026-09-03 13/650 2026-09-05 18:10 by fireguard
[文学芳草园] 初秋的晨风 +4 阿美_Lml888 2026-09-04 6/300 2026-09-05 13:51 by 阿美_Lml888
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +6 瞬息宇宙 2026-08-31 9/450 2026-09-05 13:11 by haizai99
[博后之家] 广西大学-广州大学招聘博士后 欢迎广大优秀人才！！！ +4 SCSIOyxguo 2026-09-03 7/350 2026-09-05 10:39 by Honglianlian
[硕博家园] Ei源刊怎么投 +4 Fengshun9711 2026-09-04 4/200 2026-09-04 19:30 by 研途知予
[硕博家园] 哈尔滨工业大学韩晓军教授课题组招收2027年硕士推免生及博士研究生 +3 灯灯灯灯DDDD 2026-09-03 3/150 2026-09-03 21:22 by 科研皮皮猪
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭