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shangshui123

新虫 (职业作家)

[求助] DMOL3求吸附能遇到问题 已有2人参与

最近在计算4原子铜簇A与有机大分子B(约100个原子),大分子上含苯环、碳氢氧元素,再求铜簇与苯环上吸附时,发现吸附能过大约3ev,后来在高手指导下我把簇模型和大分子放开有几十个埃米左右再优化,发现能量值并不等于之前铜簇和大分子的能量和,前后相差1.6ev.从理论上讲应该是相等的啊,因为没有相互作用吗。后来我把他们簇模型和大分子整体固定住,优化后发现能量基本没有变化,和不固定时能量基本相等。想问问哪位大神遇到过此种问题,怎么解决的,谢谢。
另外,我算过两个同簇模型放在一块但是相距很远,优化后能量是原来单个簇的能量的两倍,且把同样的两个大分子放在一起但是相聚很远优化后,能量是单个分子的两倍。
我的参数如下:Spin_polarization             unrestricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               dspp
Functional                    gga(p91)
Aux_density                   octupole
Integration_grid              medium
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 4.0000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-005
Scf_charge_mixing             0.2000
Scf_spin_mixing               0.5000
Scf_iterations                999
Scf_diis                      6 pulay
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
放开几十A那还是一样的结构,都不在一个体系,怎么能一样。可能是我理解错了,能不能讲清楚些!!!!!
2楼2014-04-27 22:20:35
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shangshui123

新虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-27 22:20:35
放开几十A那还是一样的结构,都不在一个体系,怎么能一样。可能是我理解错了,能不能讲清楚些!!!!!

放开几十个A是想让他们没有作用,在一个体系中的,DMOL是无限延伸的,放进的话,比如十个A,结果也是一样的,我没有建板模型,因此是在一个体系中的
3楼2014-04-27 22:30:39
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by shangshui123 at 2014-04-27 22:30:39
放开几十个A是想让他们没有作用,在一个体系中的,DMOL是无限延伸的,放进的话,比如十个A,结果也是一样的,我没有建板模型,因此是在一个体系中的...

你放在一起的时候,他们都成键了。成键要放去能量,或者比较近的情况下有范德瓦尔斯力作用,这些都会影响体系。

你放那么远,就是两个没有干涉的体系。这怎么能说是同一体系?????
4楼2014-04-27 22:35:36
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


不知道你的所谓理论上应该如此,这是什么理论?若是有根据,我想看看。
5楼2014-04-27 22:36:21
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shangshui123

新虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-27 22:36:21
不知道你的所谓理论上应该如此,这是什么理论?若是有根据,我想看看。

我放在十个埃米的距离时,也是这样的结果,相差-1.6ev,即便有范德华力,也不可能这么大吧。我的理论是基于化学常识,因为他们相距很远,所以之间不应该有那么大的力。我之所以这么做,是因为之前计算我的吸附能达到-3ev,一直找不出原因,所以我才这么做的。
6楼2014-04-28 08:37:47
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
6楼: Originally posted by shangshui123 at 2014-04-28 08:37:47
我放在十个埃米的距离时,也是这样的结果,相差-1.6ev,即便有范德华力,也不可能这么大吧。我的理论是基于化学常识,因为他们相距很远,所以之间不应该有那么大的力。我之所以这么做,是因为之前计算我的吸附能达 ...

你前面的说法是这两个要相等,这不可能。你放在了一起,相互作用了,总能肯定要降低。这没有任何问题
7楼2014-04-28 08:56:37
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shangshui123

新虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-27 22:36:21
不知道你的所谓理论上应该如此,这是什么理论?若是有根据,我想看看。

另外我把它们都固定住,在十个埃米左右的距离时,也不是相等的。我就觉得很奇怪,不该是这样的呀。
8楼2014-04-28 08:57:20
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mywai520

铁杆木虫 (著名写手)


引用回帖:
8楼: Originally posted by shangshui123 at 2014-04-28 08:57:20
另外我把它们都固定住,在十个埃米左右的距离时,也不是相等的。我就觉得很奇怪,不该是这样的呀。...

重新说一下,你是不是认为放在一起跟放在很远固定,这两种情况能量要相等?
若是这样,那你的想法就错了,这不可能相等。
9楼2014-04-28 09:02:42
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shangshui123

新虫 (职业作家)

引用回帖:
9楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-28 09:02:42
重新说一下,你是不是认为放在一起跟放在很远固定,这两种情况能量要相等?
若是这样,那你的想法就错了,这不可能相等。...

是这个意思,为啥不会相等吗
10楼2014-04-28 09:54:24
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