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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » DMOL3求吸附能遇到问题
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shangshui123

新虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mywai520 at 2014-04-28 08:56:37
你前面的说法是这两个要相等，这不可能。你放在了一起，相互作用了，总能肯定要降低。这没有任何问题...

放在一起的时候，吸附能就有1.6ev,太大，不知道该怎么办呢
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11楼2014-04-28 09:55:47
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shangshui123

新虫 (职业作家)
能加下您的QQ吗
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12楼2014-04-28 09:57:06
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小小的西瓜籽

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得是应该是可以解释的：你的Cu团簇和大分子放在一起后，虽然距离较远，但是DMol3可能任然把两个团簇当成一个系统在算，当你固定住所有原子了，结构优化不在起作用，也就没有变化直接就等于他们之和了。
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13楼2014-04-28 19:38:49
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shangshui123

新虫 (职业作家)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 小小的西瓜籽 at 2014-04-28 19:38:49
我觉得是应该是可以解释的：你的Cu团簇和大分子放在一起后，虽然距离较远，但是DMol3可能任然把两个团簇当成一个系统在算，当你固定住所有原子了，结构优化不在起作用，也就没有变化直接就等于他们之和了。

可是直接固定住后还是相差1.6ev ,，并不等于她们的和，这个无法解释啊
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14楼2014-05-04 09:34:25
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
我认为这个问题应该是这样的，望各位前辈指正。

我先整理一下你的说法，AB一块儿靠近作用的能量肯定没问题，问题肯定在于两者拉开一定距离与分别优化能量之和不等。

片段A&B分别计算，此时得到两者的能量和，我要是没猜错，你可能采用了某一默认的精度，如medium或者fine，凭我的经验Cu的Rcut是该体系最大的，fine是4.4，所以你用的是medium的精度。此时有能量E1.
片段A&B拉开距离一块儿算，此时得到能量，你也是采用一样的精度medium，此时能量E2.

E1为什么不等于E2？毛病在于，我们采用的精度都是默认的，如你所说，铜团簇和大分子放一块儿，不管是否拉开距离，对于medium精度，此时全局轨道截断是4.0。而独立计算铜团簇的时候，如果采用medium，全局轨道截断仍旧是4.0。计算分子的时候，请注意，此时你选用默认的medium，轨道截断不是4.0，而计算相互作用或是放在一起拉开一定距离在计算相同的片段轨道截断不是4.0.此时计算能量肯定不会相等。

如果要解决这个问题，计算大分子的过程，你需要手动将轨道截断也修改为4.0，这样才是合理的。


再看最后的问题，两个相同的簇拉开一定距离，此时各个部分全局轨道截断相同。两个一样的分子拉开一定距离，与单个的分子，全局轨道截断也相同，能量自然是两倍的关系。
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不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
15楼2014-05-05 00:28:44
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Joannaouc

木虫 (著名写手)
你做的三个运算：（A），（B），（A+B）所用的*.input是否完全一样？input不一样是最大的嫌疑所在。
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16楼2014-05-05 16:54:32
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