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shangshui123

新虫 (职业作家)

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[求助] DMOL3求吸附能遇到问题已有2人参与

最近在计算4原子铜簇A与有机大分子B（约100个原子），大分子上含苯环、碳氢氧元素，再求铜簇与苯环上吸附时，发现吸附能过大约3ev，后来在高手指导下我把簇模型和大分子放开有几十个埃米左右再优化，发现能量值并不等于之前铜簇和大分子的能量和，前后相差1.6ev.从理论上讲应该是相等的啊，因为没有相互作用吗。后来我把他们簇模型和大分子整体固定住，优化后发现能量基本没有变化,和不固定时能量基本相等。想问问哪位大神遇到过此种问题，怎么解决的，谢谢。
另外，我算过两个同簇模型放在一块但是相距很远，优化后能量是原来单个簇的能量的两倍，且把同样的两个大分子放在一起但是相聚很远优化后，能量是单个分子的两倍。
我的参数如下：Spin_polarization          unrestricted
Charge                      0
Basis                      dnp
Pseudopotential             dspp
Functional                   gga(p91)
Aux_density                octupole
Integration_grid             medium
Occupation                   thermal 0.0050
Cutoff_Global                4.0000 angstrom
Scf_density_convergence    1.0000e-005
Scf_charge_mixing          0.2000
Scf_spin_mixing             0.5000
Scf_iterations             999
Scf_diis                   6 pulay

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1楼 2014-04-27 20:49:55

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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

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虫号: 1369423
注册: 2011-08-16
性别: GG
专业: 金属材料的磨损与磨蚀
管辖: 第一性原理

我认为这个问题应该是这样的，望各位前辈指正。

我先整理一下你的说法，AB一块儿靠近作用的能量肯定没问题，问题肯定在于两者拉开一定距离与分别优化能量之和不等。

片段A&B分别计算，此时得到两者的能量和，我要是没猜错，你可能采用了某一默认的精度，如medium或者fine，凭我的经验Cu的Rcut是该体系最大的，fine是4.4，所以你用的是medium的精度。此时有能量E1.
片段A&B拉开距离一块儿算，此时得到能量，你也是采用一样的精度medium，此时能量E2.

E1为什么不等于E2？毛病在于，我们采用的精度都是默认的，如你所说，铜团簇和大分子放一块儿，不管是否拉开距离，对于medium精度，此时全局轨道截断是4.0。而独立计算铜团簇的时候，如果采用medium，全局轨道截断仍旧是4.0。计算分子的时候，请注意，此时你选用默认的medium，轨道截断不是4.0，而计算相互作用或是放在一起拉开一定距离在计算相同的片段轨道截断不是4.0.此时计算能量肯定不会相等。

如果要解决这个问题，计算大分子的过程，你需要手动将轨道截断也修改为4.0，这样才是合理的。

再看最后的问题，两个相同的簇拉开一定距离，此时各个部分全局轨道截断相同。两个一样的分子拉开一定距离，与单个的分子，全局轨道截断也相同，能量自然是两倍的关系。