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MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。 已有1人参与
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我在别的区提过了，没人解答。。。。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241 |
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经常有人数据换算后出错，我将网站上的源码做了修改能够适应于MS默认的单位，这样MS7.0版本的直接将cosmo的数据部分保存后导入程序中即可使用。 |
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2016-06-30 05:05:26, 1000 K
24楼2016-06-30 05:09:32
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gkf高: 金币+4 2014-05-13 16:14:05
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虽然我对溶剂化了解的不多，昨天刚刚和人讨论过这个问题，赶上得很是时候。 ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法（Dmol3的help能够查到），这种方法计算sigma的时候和新方法（默认的ibs）不一样，我们发觉空穴孔洞面积确实不同。如果要在Dmol3中实现Klamt方法，应该先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他参数设定完成)-Files-save files，然后产生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files运行。 即便这样，我不太确定每个原子的溶剂化半径在两个程序（你给出的ppt和Dmol3）中是否相同。不过仍旧建议你做个测试进行比较。 |
2楼2014-05-13 13:16:48
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不好意思我那个附件传错了，这地方又传看一边：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423 请在帮忙看看，他的COSMO是ON的状态的~ |
3楼2014-05-13 18:25:45
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4楼2014-05-13 19:59:31
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# Task parameters Calculate energy Symmetry on Max_memory 2048 File_usage smart Basis_Version V4.0.0 # Environment keywords Cosmo on Cosmo_Grid_Size 1082 Cosmo_Segments 92 Cosmo_Solvent_Radius 1.300000 Cosmo_A-Matrix_Cutoff 7.000000 Cosmo_Radius_Incr 0.000000 Cosmo_A-Constant 1.882190 Cosmo_B-Constant 0.010140 Cosmo_RadCorr_Incr 0.150000 Cosmo_Atomic_Radii 1 1.300000 6 2.000000 7 1.830000 8 1.720000 9 1.720000 15 2.1200000 16 2.1600000 17 2.0500000 35 2.1600000 53 2.3200000 # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional vwn-bp Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation fermi Cutoff_Global 3.7000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 2.0000e-001 Scf_iterations 50 Scf_diis 6 pulay # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties |
6楼2014-05-13 21:19:21
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gmy1990: 金币+3 2014-05-14 03:46:53
gmy1990: 金币+3 2014-05-14 03:46:53
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刚开始我也出现这个问题，我对照了所有参数发觉都没有问题，后来我猜测是计算P(sigma)的公式不一样导致的，ppt中采用的MS2.2Dmol3单位默认的可能是Angstrom，而新版本MS7.0的Dmol3采用的是a.u.，即长度单位是Bohr，两者换算关系是1Bohr=0.529Angstrom，所以先进行换算单位，然后通过ppt提供的程序分析结果即可。 过程如下： 先把cosmo中的$segment information部分拷贝到记事本propane.txt进行保存，然后导入到origin或是excel，其中有几列，Area那一列要将原来的换算成Area*0.529*0.529，charge/Area直接用chage那一列将原来的值除以新换算的Area即可，Potential那一列要将原来的除以0.529，然后再导出为propane.txt. 然后用ppt提供的程序进行处理，在此之前先在C:\创建一个C:\PROFIlES的文件夹，然后启动程序，该程序首先让你输入完整的文件路径（建议不要是中文的），然后输入生成文件的名称（这个随便），然后输入片段数目（total number of segments，即cosmo文件中的），如例子中的438.然后就可以到C:\PROFIlES去找生成的txt文件，然后将这个txt文件导入origin或excel作图即可。 |
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2014-05-14 03:26:23, 344.12 K
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gmy1990: 金币+2 2014-10-12 21:28:44
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你对照的是下载回来的example？如果是vt2005-00003，那么我发现有一点需要注意，严谨起见，我看了他的输出文件，它采用的Orbital Cutoff不是fine默认的3.7Angstroms，而是5.5Angstroms，即10.397a.u.另外1Bohhr=0.529.......Angstrom，这个也会造成一些偏差。 溶剂化模型了解的不多，说不上来什么，不过有个建议，你可以看看ChemiAndy和sobereva两位前辈的帖子，直接给传送门 http://hi.baidu.com/sobereva/item/5e0b9bd4d49d7ae6b2f777d7 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3965375 以前读了他们的帖子深受启发。你也可以直接问他们。 COSMO/CPCM的模型在你的两份ppt上面所列出的文献你可以读一下，这比问任何人都要有效也更重要。 |
10楼2014-05-14 11:39:32
