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pdl9527

专家顾问 (小有名气)

[求助] MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。已有1人参与

我在别的区提过了，没人解答。。。。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241
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1楼2014-05-13 10:30:52
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
9楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-05-14 10:39:11
十分感谢，确实是单位的问题，但是算的结果和VT-2005中给的还是有点差别，如图，蓝色是我算的，红色是VT-2005给的，不知道对后面的计算会不会有很大影响啊？

还有就是你对COSMO-SAC模型有木有了解啊，有几个简单 ...

经常有人数据换算后出错，我将网站上的源码做了修改能够适应于MS默认的单位，这样MS7.0版本的直接将cosmo的数据部分保存后导入程序中即可使用。
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    • 2016-06-30 05:05:26, 1000 K
不一定挂在论坛，计算问题问题欢迎留言。
24楼2016-06-30 05:09:32
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
★ ★ ★ ★
gkf高: 金币+4 2014-05-13 16:14:05
虽然我对溶剂化了解的不多，昨天刚刚和人讨论过这个问题，赶上得很是时候。

ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法（Dmol3的help能够查到），这种方法计算sigma的时候和新方法（默认的ibs）不一样，我们发觉空穴孔洞面积确实不同。如果要在Dmol3中实现Klamt方法，应该先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他参数设定完成)-Files-save files，然后产生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files运行。

即便这样，我不太确定每个原子的溶剂化半径在两个程序（你给出的ppt和Dmol3）中是否相同。不过仍旧建议你做个测试进行比较。
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2楼2014-05-13 13:16:48
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-13 13:16:48
虽然我对溶剂化了解的不多，昨天刚刚和人讨论过这个问题，赶上得很是时候。

ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法（Dmol3的help能够查到），这种方法计 ...

不好意思我那个附件传错了，这地方又传看一边：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423
请在帮忙看看，他的COSMO是ON的状态的~
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3楼2014-05-13 18:25:45
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卡开发发

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3楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-05-13 18:25:45
不好意思我那个附件传错了，这地方又传看一边：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423
请在帮忙看看，他的COSMO是ON的状态的~...

把你的input传上来看看，你这么让我看我也不知道问题在哪。
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4楼2014-05-13 19:59:31
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卡开发发

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Ab Initio Amateur
这样吧，晚一些我也重复一下给你答复，最好先把input上传来。
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5楼2014-05-13 20:03:51
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pdl9527

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引用回帖:
5楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-13 20:03:51
这样吧，晚一些我也重复一下给你答复，最好先把input上传来。

# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      on
Max_memory                    2048
File_usage                    smart

Basis_Version V4.0.0

# Environment keywords
Cosmo                             on
Cosmo_Grid_Size             1082
Cosmo_Segments             92
Cosmo_Solvent_Radius      1.300000
Cosmo_A-Matrix_Cutoff     7.000000
Cosmo_Radius_Incr             0.000000
Cosmo_A-Constant          1.882190
Cosmo_B-Constant              0.010140
Cosmo_RadCorr_Incr             0.150000
Cosmo_Atomic_Radii
      1           1.300000
      6           2.000000
      7           1.830000
      8           1.720000
      9           1.720000
     15           2.1200000
     16           2.1600000
     17           2.0500000
     35           2.1600000
     53           2.3200000
# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    vwn-bp
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    fermi
Cutoff_Global                 3.7000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             2.0000e-001
Scf_iterations                50
Scf_diis                      6 pulay

# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties
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6楼2014-05-13 21:19:21
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卡开发发

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Ab Initio Amateur
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gmy1990: 金币+3 2014-05-14 03:46:53
刚开始我也出现这个问题，我对照了所有参数发觉都没有问题，后来我猜测是计算P(sigma)的公式不一样导致的，ppt中采用的MS2.2Dmol3单位默认的可能是Angstrom，而新版本MS7.0的Dmol3采用的是a.u.，即长度单位是Bohr，两者换算关系是1Bohr=0.529Angstrom，所以先进行换算单位，然后通过ppt提供的程序分析结果即可。

过程如下：
先把cosmo中的$segment information部分拷贝到记事本propane.txt进行保存，然后导入到origin或是excel，其中有几列，Area那一列要将原来的换算成Area*0.529*0.529，charge/Area直接用chage那一列将原来的值除以新换算的Area即可，Potential那一列要将原来的除以0.529，然后再导出为propane.txt.

然后用ppt提供的程序进行处理，在此之前先在C:\创建一个C:\PROFIlES的文件夹，然后启动程序，该程序首先让你输入完整的文件路径（建议不要是中文的），然后输入生成文件的名称（这个随便），然后输入片段数目（total number of segments，即cosmo文件中的），如例子中的438.然后就可以到C:\PROFIlES去找生成的txt文件，然后将这个txt文件导入origin或excel作图即可。
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pdl9527
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7楼2014-05-14 03:30:36
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pdl9527

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7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-14 03:30:36
刚开始我也出现这个问题，我对照了所有参数发觉都没有问题，后来我猜测是计算P(sigma)的公式不一样导致的，ppt中采用的MS2.2Dmol3单位默认的可能是Angstrom，而新版本MS7.0的Dmol3采用的是a.u.，即长度单位是Bohr， ...

好的~我去试一试，嗯，我还有些这方面的问题能够请教你一下么~
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8楼2014-05-14 10:00:22
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pdl9527

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7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-14 03:30:36
刚开始我也出现这个问题，我对照了所有参数发觉都没有问题，后来我猜测是计算P(sigma)的公式不一样导致的，ppt中采用的MS2.2Dmol3单位默认的可能是Angstrom，而新版本MS7.0的Dmol3采用的是a.u.，即长度单位是Bohr， ...

十分感谢，确实是单位的问题，但是算的结果和VT-2005中给的还是有点差别，如图，蓝色是我算的，红色是VT-2005给的，不知道对后面的计算会不会有很大影响啊？

还有就是你对COSMO-SAC模型有木有了解啊，有几个简单的问题一直想找人问问。。。
MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。
QQ截图20140514103543.png
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9楼2014-05-14 10:39:11
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gmy1990: 金币+2 2014-10-12 21:28:44
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9楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-05-14 10:39:11
十分感谢，确实是单位的问题，但是算的结果和VT-2005中给的还是有点差别，如图，蓝色是我算的，红色是VT-2005给的，不知道对后面的计算会不会有很大影响啊？

还有就是你对COSMO-SAC模型有木有了解啊，有几个简单 ...

你对照的是下载回来的example？如果是vt2005-00003，那么我发现有一点需要注意，严谨起见，我看了他的输出文件，它采用的Orbital Cutoff不是fine默认的3.7Angstroms，而是5.5Angstroms，即10.397a.u.另外1Bohhr=0.529.......Angstrom，这个也会造成一些偏差。

溶剂化模型了解的不多，说不上来什么，不过有个建议，你可以看看ChemiAndy和sobereva两位前辈的帖子，直接给传送门
http://hi.baidu.com/sobereva/item/5e0b9bd4d49d7ae6b2f777d7
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3965375
以前读了他们的帖子深受启发。你也可以直接问他们。

COSMO/CPCM的模型在你的两份ppt上面所列出的文献你可以读一下，这比问任何人都要有效也更重要。
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10楼2014-05-14 11:39:32
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