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pdl9527专家顾问 (小有名气)
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MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。 已有1人参与
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我在别的区提过了，没人解答。。。。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241 |
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gmy1990: 金币+2 2014-10-12 21:28:44
gmy1990: 金币+2 2014-10-12 21:28:44
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你对照的是下载回来的example？如果是vt2005-00003，那么我发现有一点需要注意，严谨起见，我看了他的输出文件，它采用的Orbital Cutoff不是fine默认的3.7Angstroms，而是5.5Angstroms，即10.397a.u.另外1Bohhr=0.529.......Angstrom，这个也会造成一些偏差。 溶剂化模型了解的不多，说不上来什么，不过有个建议，你可以看看ChemiAndy和sobereva两位前辈的帖子，直接给传送门 http://hi.baidu.com/sobereva/item/5e0b9bd4d49d7ae6b2f777d7 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3965375 以前读了他们的帖子深受启发。你也可以直接问他们。 COSMO/CPCM的模型在你的两份ppt上面所列出的文献你可以读一下，这比问任何人都要有效也更重要。 |
10楼2014-05-14 11:39:32
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gkf高: 金币+4 2014-05-13 16:14:05
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虽然我对溶剂化了解的不多，昨天刚刚和人讨论过这个问题，赶上得很是时候。 ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法（Dmol3的help能够查到），这种方法计算sigma的时候和新方法（默认的ibs）不一样，我们发觉空穴孔洞面积确实不同。如果要在Dmol3中实现Klamt方法，应该先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他参数设定完成)-Files-save files，然后产生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files运行。 即便这样，我不太确定每个原子的溶剂化半径在两个程序（你给出的ppt和Dmol3）中是否相同。不过仍旧建议你做个测试进行比较。 |
2楼2014-05-13 13:16:48
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不好意思我那个附件传错了，这地方又传看一边：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423 请在帮忙看看，他的COSMO是ON的状态的~ |
3楼2014-05-13 18:25:45
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