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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 其他 » MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
此外，你那份ppt上给出的链接即便注册后账号也登陆不了。我把资料、程序和例子的下载链接供出来，方便其他人查阅并提供信息以及讨论，http://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html
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11楼2014-05-14 11:42:20
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-14 11:39:32
你对照的是下载回来的example？如果是vt2005-00003，那么我发现有一点需要注意，严谨起见，我看了他的输出文件，它采用的Orbital Cutoff不是fine默认的3.7Angstroms，而是5.5Angstroms，即10.397a.u.另外1Bohhr=0. ...

好的~再次感谢！
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12楼2014-05-14 18:52:31
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-13 19:59:31
把你的input传上来看看，你这么让我看我也不知道问题在哪。...

楼主，现在MS7.0里的dmol3用Cosmo算溶剂化效应是不是直接勾选using solvation model就可以了，还是要修改input文件，我这两种方法都试过了，算了H2O的sigma-profile就是算不出文献的结果，求指导啊！
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13楼2014-10-11 16:59:15
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
13楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-11 16:59:15
楼主，现在MS7.0里的dmol3用Cosmo算溶剂化效应是不是直接勾选using solvation model就可以了，还是要修改input文件，我这两种方法都试过了，算了H2O的sigma-profile就是算不出文献的结果，求指导啊！...

文献中采用的版本和参数是？你的呢？
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14楼2014-10-11 17:35:20
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-11 17:35:20
文献中采用的版本和参数是？你的呢？...

楼主，我用的是MS7.0，文献上基本没有详细的过程。我计算水的溶剂化input文件如下：# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      off
Max_memory                    10480
File_usage                    smart

# Electronic parameters
Spin_polarization             restricted
Charge                        0
Basis                         dnp
Pseudopotential               none
Functional                    vwn-bp
Aux_density                   octupole
Integration_grid              fine
Occupation                    thermal 0.0050
Cutoff_Global                 5.5000 angstrom
Scf_density_convergence       1.0000e-006
Scf_charge_mixing             2.0000e-001
Scf_iterations                500
Scf_diis                      6 pulay
Cosmo                         ibs
COSMO_Dielectric              78.5400     Water

# COSMO Environment Keywords
Cosmo_Rs                         on
Cosmo_Grid_Size               1082
Cosmo_Segments                92
Cosmo_Solvent_Radius          1.300000
Cosmo_A-Matrix_Cutoff         7.000000
Cosmo_RadCorr_Incr            0.000000
Cosmo_Atomic_Radii            angstrom
1   1.300000
2   1.720000


# Print options
Print                         eigval_last_it

# Calculated properties
算出的结果：
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15楼2014-10-12 11:53:21
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
15楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-12 11:53:21
楼主，我用的是MS7.0，文献上基本没有详细的过程。我计算水的溶剂化input文件如下：# Task parameters
Calculate                     energy
Symmetry                      off
Max_memory                   ...

是这样的，MS5.0以后和4.4以前的版本算法和模型上有些差异，我建议你提供文献采用的MS的版本。
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16楼2014-10-12 12:37:22
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-12 12:37:22
是这样的，MS5.0以后和4.4以前的版本算法和模型上有些差异，我建议你提供文献采用的MS的版本。...

楼主，那哪里可以找到MS5.0以上用cosmo的详细过程？
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17楼2014-10-13 10:22:38
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur
引用回帖:
17楼: Originally posted by sfycong at 2014-10-13 10:22:38
楼主，那哪里可以找到MS5.0以上用cosmo的详细过程？...

看help文档，keywords一个个找。我指的是，如果文献采用的是4.4以前的版本，而你采用的是5.5以后的版本，计算结果可能很不一样。
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18楼2014-10-13 12:30:31
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sfycong

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-13 12:30:31
看help文档，keywords一个个找。我指的是，如果文献采用的是4.4以前的版本，而你采用的是5.5以后的版本，计算结果可能很不一样。...

好的，谢谢了。我再仔细看看。
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19楼2014-10-13 14:53:40
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sdfczhangkai

新虫 (初入文坛)
我用3.2的版本，最后的结果有无数个峰咋办
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20楼2015-08-15 11:12:35
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