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pdl9527专家顾问 (小有名气)
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MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。 已有1人参与
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我在别的区提过了，没人解答。。。。 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241 |
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楼主，我用的是MS7.0，文献上基本没有详细的过程。我计算水的溶剂化input文件如下：# Task parameters Calculate energy Symmetry off Max_memory 10480 File_usage smart # Electronic parameters Spin_polarization restricted Charge 0 Basis dnp Pseudopotential none Functional vwn-bp Aux_density octupole Integration_grid fine Occupation thermal 0.0050 Cutoff_Global 5.5000 angstrom Scf_density_convergence 1.0000e-006 Scf_charge_mixing 2.0000e-001 Scf_iterations 500 Scf_diis 6 pulay Cosmo ibs COSMO_Dielectric 78.5400 Water # COSMO Environment Keywords Cosmo_Rs on Cosmo_Grid_Size 1082 Cosmo_Segments 92 Cosmo_Solvent_Radius 1.300000 Cosmo_A-Matrix_Cutoff 7.000000 Cosmo_RadCorr_Incr 0.000000 Cosmo_Atomic_Radii angstrom 1 1.300000 2 1.720000 # Print options Print eigval_last_it # Calculated properties 算出的结果： |
15楼2014-10-12 11:53:21
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gkf高: 金币+4 2014-05-13 16:14:05
gkf高: 金币+4 2014-05-13 16:14:05
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虽然我对溶剂化了解的不多，昨天刚刚和人讨论过这个问题，赶上得很是时候。 ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的，这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法（Dmol3的help能够查到），这种方法计算sigma的时候和新方法（默认的ibs）不一样，我们发觉空穴孔洞面积确实不同。如果要在Dmol3中实现Klamt方法，应该先保存input文件（Dmol3 Calculations-(其他参数设定完成)-Files-save files，然后产生input文件），然后把COSMO那一行的ibs修改成on，然后在Dmol3 Calculations-Files-run files运行。 即便这样，我不太确定每个原子的溶剂化半径在两个程序（你给出的ppt和Dmol3）中是否相同。不过仍旧建议你做个测试进行比较。 |
2楼2014-05-13 13:16:48
pdl9527
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不好意思我那个附件传错了，这地方又传看一边：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423 请在帮忙看看，他的COSMO是ON的状态的~ |
3楼2014-05-13 18:25:45
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4楼2014-05-13 19:59:31