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pdl9527

专家顾问 (小有名气)

[求助] MS的Dmol3模块COSMO计算的问题。 已有1人参与

我在别的区提过了,没人解答。。。。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7397241
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sfycong

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
16楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-10-12 12:37:22
是这样的,MS5.0以后和4.4以前的版本算法和模型上有些差异,我建议你提供文献采用的MS的版本。...

楼主,那哪里可以找到MS5.0以上用cosmo的详细过程?
17楼2014-10-13 10:22:38
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查看全部 39 个回答

卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

★ ★ ★ ★
gkf高: 金币+4 2014-05-13 16:14:05
虽然我对溶剂化了解的不多,昨天刚刚和人讨论过这个问题,赶上得很是时候。

ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的,这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法(Dmol3的help能够查到),这种方法计算sigma的时候和新方法(默认的ibs)不一样,我们发觉空穴孔洞面积确实不同。如果要在Dmol3中实现Klamt方法,应该先保存input文件(Dmol3 Calculations-(其他参数设定完成)-Files-save files,然后产生input文件),然后把COSMO那一行的ibs修改成on,然后在Dmol3 Calculations-Files-run files运行。

即便这样,我不太确定每个原子的溶剂化半径在两个程序(你给出的ppt和Dmol3)中是否相同。不过仍旧建议你做个测试进行比较。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
2楼2014-05-13 13:16:48
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pdl9527

专家顾问 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-05-13 13:16:48
虽然我对溶剂化了解的不多,昨天刚刚和人讨论过这个问题,赶上得很是时候。

ppt结尾引用了文献Klamt, Andreas, G. Shüürmann的,这个似乎对应的是Dmol3老的溶剂化计算方法(Dmol3的help能够查到),这种方法计 ...

不好意思我那个附件传错了,这地方又传看一边:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423
请在帮忙看看,他的COSMO是ON的状态的~
3楼2014-05-13 18:25:45
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卡开发发

专家顾问 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
3楼: Originally posted by pdl9527 at 2014-05-13 18:25:45
不好意思我那个附件传错了,这地方又传看一边:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7402423
请在帮忙看看,他的COSMO是ON的状态的~...

把你的input传上来看看,你这么让我看我也不知道问题在哪。
不一定挂在论坛,计算问题问题欢迎留言。
4楼2014-05-13 19:59:31
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